当您在起诉过程中发现公司已经注销，这确实会给诉讼带来一定的复杂性，但您仍然可以采取一系列措施来维护自己的合法权益。以下是一些详细的建议：
一、确认公司注销的具体情况
首先，您需要通过国家企业信用信息公示系统或相关工商登记部门查询公司的注销状态、注销时间以及注销原因。这有助于您了解公司注销的合法性以及是否存在未依法清算即注销的情况。
二、分析法律责任主体
股东或清算组成员的责任：
- 如果公司在注销过程中未依法进行清算，或者清算组成员存在恶意处置财产、提交虚假清算报告等违法行为，导致您作为债权人的利益受损，您可以依法追究股东或清算组成员的责任。
- 根据相关法律法规，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人，在公司解散后若存在上述违法行为，应对公司债务承担赔偿责任。
权利义务承继者的责任：
- 如果公司在注销前将债权债务转让给了其他公司或个人，您有权向该承继者主张权利。
- 您需要仔细审查公司注销前的财务记录、合同协议等文件，以确定是否存在债权债务的转让情况，并收集相关证据。
关联公司或母公司的责任：
- 在某些情况下，被注销的公司可能是某个集团或母公司的子公司。如果该子公司的注销是为了逃避债务，您可以考虑追究关联公司或母公司的责任。
- 这需要根据具体的法律关系和证据来判断，可能需要您寻求专业律师的帮助。
三、采取法律行动
追加被告或第三人：
- 如果您发现公司的股东、清算组成员或其他责任主体存在违法行为，且这些行为与您的损失之间存在因果关系，您可以在诉讼中申请追加他们为被告或第三人。
- 您需要提供充分的证据来支持您的申请，如清算报告、财务记录、合同协议等。
提起新的诉讼：
- 如果无法在原诉讼中继续追究责任，或者您发现了新的责任主体和证据，您可以考虑根据具体情况提起新的诉讼，如针对股东、清算组成员或其他责任主体的损害赔偿诉讼。
申请强制执行：
- 如果在诉讼过程中或诉讼前，公司已经部分履行了义务但仍有剩余债务未清偿，且公司有可供执行的财产（如未分配完的财产、对外投资形成的股权等），您可以向法院申请强制执行以弥补您的损失。
四、注意事项
及时行动：
- 一旦发现公司注销的情况，您应尽快采取行动，以免错过维权的最佳时机。时间拖得越久，证据可能越难以收集，维权难度也可能越大。
保留证据：
- 您需要妥善保管与公司交易相关的所有文件和记录，包括合同、发票、付款凭证等。这些证据在维权过程中将起到至关重要的作用。
寻求专业帮助：
- 面对复杂的法律问题，建议您咨询专业的律师或法律机构。他们可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案，帮助您更好地维护自己的合法权益。
综上所述，虽然公司在诉讼过程中注销会给维权带来一定的挑战，但您仍然可以通过确认注销情况、分析法律责任主体、采取法律行动以及注意相关事项等措施来维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。