若起诉时发现公司已经注销，可根据公司注销的具体情况采取不同的处理方式，以下是详细分析：

一、未经依法清算即办理注销登记

若公司未经依法清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算，根据《公司法》及相关司法解释的规定，债权人可主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。这意味着，债权人可以将这些主体列为被告，继续诉讼，要求其承担原公司应承担的债务。

具体操作建议：

• 收集公司注销的相关材料，如清算报告（如有）、注销登记申请书等，以证明公司未经依法清算即注销。
• 确定责任主体，即有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人。
• 向有管辖权的法院提起诉讼，要求相关责任主体承担债务。

二、股东或第三人承诺担责

若公司未经清算即办理注销登记，但股东或者第三人在公司登记机关办理注销登记时承诺对公司债务承担责任，债权人可主张其对公司债务承担相应民事责任。

具体操作建议：

• 收集股东或第三人在公司登记机关办理注销登记时的承诺文件。
• 向有管辖权的法院提起诉讼，要求承诺的股东或第三人承担公司债务。

三、依法清算并注销，但存在特殊情况

若公司已依法清算并注销，债权债务已处理完毕，通常情况下不能再起诉该公司。但存在特殊情况，如清算过程中存在违法行为（如未依法通知债权人、恶意处置公司财产等），债权人可通过法律途径追究相关责任人的责任。

具体操作建议：

• 收集清算过程中的相关证据，如清算报告、债权人通知记录等，以证明清算过程存在违法行为。
• 确定责任主体，即清算组成员或其他相关责任人。
• 向有管辖权的法院提起诉讼，要求相关责任人承担赔偿责任。

四、公司合并、分立后注销

若公司因合并、分立而注销，根据法律规定，公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继；公司分立前的债务由分立后的公司承担连带责任。此时，债权人可起诉合并或分立后的公司。

具体操作建议：

• 收集公司合并、分立的相关文件，如合并协议、分立协议等。
• 确定合并或分立后的公司作为被告。
• 向有管辖权的法院提起诉讼，要求合并或分立后的公司承担债务。

总结与建议：

起诉时发现公司已经注销，债权人应及时收集公司注销的相关材料，确定责任主体后，向有管辖权的法院提起诉讼。在处理过程中，债权人需注意诉讼时效，确保在法定的诉讼时效期间内提起诉讼。同时，债权人应积极收集证据，以证明自己的债权以及公司注销过程中的违法行为或责任主体的承诺。

如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。