当您在起诉期间发现公司已经注销，这确实是一个需要细致处理的情况。以下是我为您整理的详细步骤和建议，希望能帮助您有效维护自身权益：
一、确认公司注销情况
首先，您需要通过国家企业信用信息公示系统或相关工商登记部门，核实公司的注销状态及注销时间。这是后续所有行动的基础，因为只有明确了公司的注销情况，您才能进一步分析法律责任主体和采取相应的法律措施。
二、分析法律责任主体
清算责任：
- 如果公司在注销过程中存在未依法清算即办理注销登记的情形，那么股东或清算组成员可能需要承担相应的法律责任。根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》的相关规定，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人，在公司解散后恶意处置财产或提交虚假清算报告骗取注销登记的，应对公司债务承担赔偿责任。
权利义务承继者：
- 查看公司注销前的财务记录、合同协议等文件，确定是否存在债权债务的转让情况。如果公司在注销前将债权债务转让给了其他公司或个人，您可以向该承继者主张权利。
关联公司或母公司：
- 在某些情况下，被注销的公司可能是某个集团或母公司的子公司。如果该子公司的注销是为了逃避债务，您可以考虑追究关联公司或母公司的责任。但这需要根据具体的法律关系和证据来判断。
三、采取法律行动
追加被告或第三人：
- 如果发现公司的股东、清算组成员或其他责任主体存在违法行为，您可以在诉讼中追加他们为被告或第三人。这需要您提供充分的证据证明他们的违法行为与您的损失之间存在因果关系。
提起新的诉讼：
- 如果无法在原诉讼中继续追究责任，您可以考虑根据具体情况提起新的诉讼，如针对股东、清算组成员或其他责任主体的损害赔偿诉讼。
申请强制执行：
- 如果在诉讼过程中或诉讼前，公司已经部分履行了义务但仍有剩余债务未清偿，且公司有可供执行的财产（如未分配完的财产、对外投资形成的股权等），您可以向法院申请强制执行。
四、法院处理方式与您的应对措施
法院处理方式：
- 如果公司依法注销且有清算主体，法院会通知清算主体参加诉讼并承担责任。
- 如果注销违法或有瑕疵，法院可能认定注销无效，诉讼继续进行。
- 如果无法确定清算主体或清算主体无法担责，法院会综合考虑后作出裁决，以保障您的权益。
您的应对措施：
- 收集证据：尽快收集并保存与公司注销相关的所有证据，包括注销公告、清算报告、财务记录等。
- 报告法院：及时向法院报告被告公司注销情况，并申请采取相应措施，如追加被告、中止诉讼等。
- 寻求专业帮助：面对复杂的法律问题，建议咨询专业的律师或法律机构。他们可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
五、注意事项
- 及时行动：一旦发现公司注销的情况，应尽快采取行动，以免错过维权的最佳时机。
- 保留证据：妥善保管与公司交易相关的所有文件和记录，以便在维权过程中提供证据支持。
- 了解法律规定：熟悉相关法律法规和司法解释的规定，以便更好地维护自己的合法权益。
综上所述，处理起诉期间公司注销的情况需要综合考虑多个法律因素。您应积极采取措施维护自身权益，同时遵循法律法规和程序规定。希望这些建议能对您有所帮助。