企业破产时土地证已抵押的，抵押权通常不受破产程序影响，抵押权人可依法优先受偿，但具体处理方式需结合抵押合同约定及破产程序进展确定。以下从不同角度展开分析：

1. 抵押权效力不受破产影响
   根据《企业破产法》第109条，对破产人的特定财产享有担保权的权利人（如抵押权人），对该特定财产享有优先受偿的权利。因此，若土地证已依法抵押并办理登记，抵押权人（如银行）的债权可优先于普通债权人受偿，破产管理人不得随意处置该土地。

2. 抵押物处置方式需协商或诉讼

   • 协商处置：破产管理人可与抵押权人协商，通过拍卖、变卖抵押土地偿还债务。若抵押权人同意，可简化流程；
     
   • 诉讼处置：若协商不成，抵押权人可向法院申请拍卖、变卖抵押财产，或直接参与破产程序中的资产处置环节。根据《民法典》第410条，抵押权人未受清偿时，可与抵押人协议以抵押财产折价或拍卖、变卖后优先受偿。

3. 破产程序中的特殊规则

   • 别除权行使：抵押权人需在破产程序中申报债权，并主张“别除权”（即对特定财产的优先受偿权）。未申报的，不得依照《企业破产法》规定的程序行使权利；
     
   • 破产清算与重整的区别：若企业进入重整程序，抵押权人可能需暂停行使权利，待重整计划批准后按计划受偿；若重整失败转入清算，则抵押权人可恢复优先受偿权。

4. 抵押合同无效或瑕疵的风险
   若抵押合同存在未办理登记、主债权无效等情形，抵押权可能无法成立。此时，抵押权人仅能作为普通债权人参与破产分配，受偿顺序靠后。因此，抵押权人需重点审查抵押合同的合法性及登记手续的完备性。

建议：若您是抵押权人，需及时向破产管理人申报债权并主张优先受偿权，同时关注破产程序进展；若您是破产企业或管理人，需依法处置抵押财产，避免损害抵押权人利益。具体操作可结合抵押合同条款及破产程序阶段进一步分析，如有疑问可直接向我咨询。