针对您提出的问题，即判决书中有两个给付主体，其中一个已履行义务，另一个超过执行期限的情况，认定及处理方式如下：

1. 关于已履行义务的给付主体：

   • 若其中一个给付主体已经按照判决书的要求履行了其给付义务，那么该主体的法律责任已经得到履行，无需再承担进一步的法律责任。在执行程序中，法院会确认该主体的履行情况，并据此作出相应的执行终结裁定。

2. 关于超过执行期限的给付主体：

   • 执行期限的法律规定：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。若超过这个期限，申请执行人将失去通过法院强制执行程序来追讨债务的权利。
   • 超过执行期限的后果：如果另一个给付主体超过执行期限仍未履行义务，且申请执行人未在法定期限内申请强制执行，那么该给付主体可能不再承担被强制执行的法律责任。但这并不意味着其债务被免除，只是失去了通过法院强制执行程序来追讨的途径。
   • 特殊情况下的处理：
     • 双方自愿履行：尽管超过了执行期限，但如果双方当事人自愿履行，那么仍然可以达成和解并履行义务。这种情况下，法律并不禁止双方当事人的自愿行为。
     • 申请恢复执行：在某些特殊情况下，如因不可抗力或其他正当理由导致申请执行人未能在法定期限内申请执行，申请执行人可以向法院申请恢复执行。但这种情况需要满足严格的条件，并经过法院的审查批准。

3. 综合认定与建议：

   • 认定方面：在认定时，法院会首先确认两个给付主体的履行情况，包括是否已履行、履行的时间、金额等。对于已履行义务的给付主体，法院会确认其法律责任已经得到履行；对于超过执行期限的给付主体，法院会审查其是否仍有被强制执行的法律责任。
   • 建议方面：对于申请执行人来说，如果发现一个给付主体已经履行义务而另一个给付主体超过执行期限，应及时向法院咨询并了解相关法律规定。如果希望继续追讨债务，可以考虑与给付主体进行协商，寻求和解或达成新的还款协议。如果协商无果，且符合申请恢复执行的条件，可以向法院申请恢复执行。

在处理此类问题时，建议您注意以下几点：

• 及时关注判决书的执行情况，确保自己的权益得到保障。
• 如果发现给付主体未履行义务或超过执行期限，应及时向法院咨询并了解相关法律规定。
• 在与给付主体协商时，注意保留相关证据和记录，以便在需要时提供证明。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。