结论：经济合作社能否支付工程款，需结合其法律地位、合同签订主体及授权情况综合判断，具体分以下两种情形分析：

1. 若村委会签订合同后，经济合作社被明确授权支付工程款
   根据《民法典》第161条、第162条，民事主体可通过授权委托他人代为履行义务。若村委会与经济合作社签订书面授权协议，明确约定由经济合作社代为支付工程款（如授权委托书、三方协议等），且该授权未违反法律强制性规定（如未损害集体利益），则经济合作社的支付行为合法有效，承包方可直接要求其付款。
   关键点：需留存授权文件原件或复印件，作为主张权利的直接证据。

2. 若村委会签订合同，但经济合作社未获授权或合同主体与支付主体不一致

   • 合同相对性原则：根据《民法典》第465条，合同仅对签订主体（村委会）产生约束力，承包方原则上只能要求村委会履行付款义务。若经济合作社未经授权擅自支付，可能构成无权代理，需村委会事后追认才能生效；若未追认，承包方可能面临付款风险。
     
   • 例外情形：若经济合作社与村委会存在财产混同（如资金共用、财务不独立），或经济合作社实际承接了合同项下的工程（如村委会将工程转包给合作社），可能突破合同相对性，但需承包方举证证明（如工程验收单、资金往来记录等）。
     风险提示：若合同未约定经济合作社为付款方，承包方直接要求其付款可能缺乏法律依据，建议优先向村委会主张权利。

实务建议：

• 签订合同时，明确约定付款主体（如“由XX经济合作社支付工程款”），并附村委会盖章确认；
  
• 付款过程中，要求经济合作社出具村委会的授权文件，或通过银行转账备注“代XX村委会支付工程款”；
  
• 若发生纠纷，及时固定证据（如合同、授权文件、付款凭证、沟通记录等），必要时通过诉讼或仲裁解决。
  

如有具体合同文本或授权文件，可进一步向我提供细节，我会结合条款内容为您分析风险点。