在确认不是公司股东的纠纷中，被告的确定需根据具体争议焦点和法律关系来判断，但一般原则是以公司为被告，同时可能涉及其他相关方作为共同被告或第三人。以下从不同角度进行详细分析：
一、一般原则：以公司为被告
股东资格是相对于公司而言的，公司是管理和认定股东资格的主体。因此，在大多数涉及股东资格确认或相关权益争议的案件中，公司应当作为被告。例如，当某人主张自己具有公司股东身份，但公司拒绝承认时，该人可以向法院提起诉讼，请求确认其股东资格，此时公司即为被告。
二、具体情形分析
股东之间的争议：
- 若争议焦点在于股东之间的股权归属、股权转让等，且不涉及公司对股东资格的态度，那么争议的相对方股东可以作为被告。但若公司的决策、管理或股权结构因此受到影响，或者公司掌握有关键证据，公司仍应作为被告或第三人参与诉讼，以确保案件的全面审理。
与公司之间的争议：
- 如公司拒绝承认某人的股东身份或不允许其行使股东权利，公司自然是被告。这是公司与股东之间的直接争议，公司作为管理和认定股东资格的主体，其态度直接影响股东权益的实现。
涉及第三人的情况：
- 如果第三方对股东资格提出异议，如主张实际出资人并非真正股东等，公司仍应作为被告。同时，与该争议有利害关系的其他股东或第三方应作为第三人参加诉讼，以确保所有相关方的利益得到充分考虑。例如，在股权代持关系中，若名义股东与实际出资人之间就股东资格产生争议，且第三方（如公司债权人）对此提出异议，那么公司、名义股东和实际出资人均可能成为诉讼参与方。
三、特殊情况下的被告确定
股东滥用权利损害公司利益：
- 根据《中华人民共和国公司法》第二十条的规定，若股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益，公司或债权人可以将其列为被告，要求其承担连带责任。此时，股东成为被告是基于其违法行为对他人造成的损害。
股权转让纠纷中的被告确定：
- 在股权转让过程中，若转让方与受让方就股权转让的价格、条件、程序等发生争议，任何一方均可将对方列为被告提起诉讼。此时，被告的确定基于双方之间的合同关系或侵权关系。
四、法律建议
明确争议焦点：
- 在提起诉讼前，应明确争议的具体焦点和法律关系，以便准确确定被告和其他诉讼参与方。
收集充分证据：
- 无论是作为原告还是被告，都应收集充分的证据来支持自己的主张。这包括合同、协议、转账记录、通信往来等能够证明案件事实的材料。
遵循法定程序：
- 在提起诉讼时，应遵循法定的程序和期限要求，确保案件的合法性和有效性。同时，注意选择合适的管辖法院和诉讼策略。
咨询专业律师：
- 由于股东资格确认和相关权益争议案件往往涉及复杂的法律关系和证据收集问题，因此建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
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