结论：工程甲方收取分包方百分之三十的费用是否合理，不能一概而论，需结合具体合同条款、行业惯例、费用性质及法律规定等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同自由原则：在建设工程领域，合同双方享有较大的自由约定空间。如果甲方与分包方在合同中明确约定了甲方收取分包方百分之三十的费用，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定是有效的，甲方收取该费用具有合同依据，可以认为是合理的。
合同条款审查：然而，即使合同中有此约定，也需要审查该条款是否显失公平。如果甲方利用其优势地位，迫使分包方接受不合理的费用比例，且该比例明显高于行业惯例或市场水平，那么该条款可能因显失公平而被撤销或变更。
二、行业惯例角度
行业收费标准：在建设工程领域，不同行业、不同地区可能存在不同的收费标准或惯例。如果甲方收取的百分之三十费用符合当地或该行业的普遍做法，且没有超出合理范围，那么可以认为该费用是合理的。
市场调研：为了判断费用是否合理，可以进行市场调研，了解类似工程中甲方收取分包方费用的比例情况。如果甲方收取的费用比例明显高于市场平均水平，且没有合理的解释或依据，那么该费用可能被认为是不合理的。
三、费用性质角度
管理费与利润：甲方收取的费用可能包括管理费、利润等。如果甲方在工程中确实提供了管理服务，并因此产生了合理的成本，那么收取一定的管理费是合理的。同样，如果甲方作为总承包方，在工程中承担了更多的风险和责任，那么获取一定的利润也是合理的。然而，如果甲方收取的费用过高，且无法合理解释其费用构成，那么该费用可能被认为是不合理的。
非法转包与违法分包：需要注意的是，如果甲方将工程非法转包或违法分包给分包方，并借此收取高额费用，那么这种行为是违法的。根据《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规的规定，非法转包、违法分包是禁止的，甲方因此收取的费用可能被认定为非法所得，面临法律制裁。
四、法律规定角度
法律法规审查：在判断甲方收取的费用是否合理时，还需要审查相关法律法规的规定。如果法律法规对甲方收取分包方费用的比例有明确规定或限制，那么甲方必须遵守这些规定或限制。否则，甲方收取的费用可能被认为是不合理的或违法的。
司法实践：在司法实践中，法院或仲裁机构在审理类似案件时，会综合考虑合同约定、行业惯例、费用性质及法律规定等因素，判断甲方收取的费用是否合理。如果甲方无法提供合理的解释或依据来支持其收取的费用比例，那么法院或仲裁机构可能会认定该费用不合理，并据此作出相应的裁决。
建议：如果您作为分包方对甲方收取的费用比例有疑问或争议，建议您首先审查合同条款，了解行业惯例和费用性质，并咨询专业律师进行法律分析。如果认为甲方收取的费用不合理或违法，您可以与甲方进行协商谈判，寻求合理的解决方案；如果协商无果，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。