结论前置：电动自行车套牌情况下发生交通事故，保险公司通常不会赔付，但具体需分情况讨论。以下为详细分析：

1. 套牌行为的违法性及对保险赔付的影响
   根据《道路交通安全法》第十六条，任何单位或个人不得伪造、变造或使用伪造、变造的机动车号牌。电动自行车套牌属于违法行为，直接违反法律强制性规定。保险合同中通常明确约定“被保险人故意或重大过失导致保险事故的，保险人不承担赔偿责任”，套牌行为可能被认定为故意违法，保险公司有权依据合同条款拒赔。

2. 保险公司拒赔的法律依据

   • 《保险法》第二十七条：投保人、被保险人故意制造保险事故的，保险人有权解除合同，不承担赔偿或给付保险金的责任。套牌行为可能被认定为“故意制造事故风险”的间接行为，保险公司可据此拒赔。
     
   • 《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十二条：若驾驶人未取得驾驶资格或醉酒驾驶，保险公司仅在交强险限额内垫付抢救费用，并有权向致害人追偿。套牌行为虽未直接列入该条款，但可能因“未依法登记”或“使用伪造号牌”被认定为“未取得合法驾驶资格”，从而触发类似拒赔规则。

3. 例外情形：保险公司可能赔付的情况

   • 保险公司未尽到明确说明义务：若保险合同中未以显著方式提示套牌行为的免责条款，或未对投保人进行充分说明，根据《保险法》第十七条，该条款可能不产生效力，保险公司仍需赔付。
     
   • 事故与套牌无直接因果关系：若交通事故完全由第三方过错导致（如对方闯红灯），且套牌行为未增加事故风险，保险公司可能需在交强险范围内赔付，但商业险仍可能拒赔。

4. 实务建议

   • 对车主：立即停止套牌行为，依法登记上牌，避免因违法导致保险拒赔及行政处罚（如罚款、扣车）。
     
   • 对受害方：若遭遇套牌车事故，可要求交警部门通过技术手段（如车牌溯源、监控比对）锁定实际责任人，并同时起诉车主、保险公司（若交强险需赔付）及实际驾驶人，最大限度维护权益。

总结：套牌电动自行车发生事故，保险公司大概率拒赔，但需结合具体条款、因果关系及保险公司说明义务综合判断。建议车主合法使用车辆，受害方及时通过法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询。