在刑事自诉案件中，不知道犯罪分子的身份证号，一般不可以直接向法院申请调查令，但可通过其他途径获取相关信息或申请法院协助调查。具体分析如下：
关于调查令的申请主体与条件
- 调查令通常适用于民事诉讼领域，由当事人或其诉讼代理人向法院申请，用于向第三方调取证据。在刑事诉讼中，尤其是刑事自诉案件，调查令制度并非普遍适用，且申请主体和条件与民事诉讼存在差异。
- 刑事自诉案件中，自诉人承担举证责任，需自行收集证据证明被告人的犯罪事实。若自诉人不知道犯罪分子的身份证号，这本身并不构成申请调查令的直接理由，因为调查令并非用于调查被告人身份信息的常规手段。
获取犯罪分子身份信息的途径
- 报案或控告：若自诉人认为犯罪分子已构成犯罪，可向公安机关报案或向法院提起控告。公安机关在立案后，会依法开展侦查工作，包括调查犯罪分子的身份信息。
- 申请法院协助调查：在刑事自诉案件中，若自诉人因客观原因无法自行收集证据（包括犯罪分子的身份信息），可向法院提出申请，请求法院协助调查。法院在审查后，认为确有必要的，可能会依职权调取相关证据或要求公安机关提供协助。
- 委托律师调查：自诉人可委托律师进行调查。律师在取得合法授权后，可通过合法途径（如向公安机关、户籍管理部门等）查询犯罪分子的身份信息。
特殊情况下的处理
- 若自诉人仅知道犯罪分子的姓名、住址等基本信息，但无法确定其确切身份（如重名情况），可向法院提供这些线索，并申请法院协助核实身份或调取相关证据。
- 在某些情况下，法院可能会要求自诉人提供犯罪分子的更多信息或线索，以便更准确地定位被告人。若自诉人无法提供，可能会影响案件的受理或审理进程。