工程质量保证金并非必须留存，但通常建议预留，以确保工程质量和缺陷修复责任的履行。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据与合法性

根据《建设工程质量保证金管理办法》的相关规定，工程质量保证金是发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。这一规定明确了工程质量保证金预留的合法性，并为其在实际工程项目中的应用提供了法律基础。

二、预留比例与金额

1. 最高限额：发包人应按照合同约定方式预留保证金，且保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。这一比例是法律规定的上限，确保了预留金额的合理性。例如，若工程结算总额为1000万元，则保证金最多可预留30万元。
2. 银行保函替代：如果合同双方约定以银行保函替代预留保证金，那么保函的金额同样不得高于工程价款结算总额的3%。这种方式为承包人提供了更为灵活的财务安排，减轻了资金压力。

三、预留方式与操作

1. 直接预留：发包人在每次向承包人支付工程款时，按照约定的比例直接扣除一部分作为质量保证金，直至达到合同约定的金额上限。这种方式简单直接，易于操作。
2. 银行保函：承包人可以选择向银行申请开立以发包人为受益人的保函，由银行提供信用担保。这种方式下，承包人无需实际预留资金，但需承担保函费用及可能的信用风险。

四、预留期限与计算

1. 缺陷责任期：一般为1年，最长不超过2年，具体由发、承包双方在合同中约定。缺陷责任期从工程通过竣工验收之日起计，若因承包人或发包人原因导致无法按期验收，则按相应规定调整起计时间。
2. 保修期满后的处理：在工程质量保修期满后，如果承包人已经按照合同约定履行了保修义务且工程没有出现质量问题，发包人应当按照约定及时将质量保证金返还给承包人。

五、不预留或违规预留的法律后果

1. 不预留的法律后果：如果合同双方未约定预留工程质量保证金，且工程在缺陷责任期内出现质量问题，发包人可能需要通过其他途径（如诉讼、仲裁等）要求承包人承担维修责任，这可能增加发包人的维权成本和风险。
2. 违规预留的法律后果：如果发包人超额预留或超期扣留工程质量保证金，可能引发法律纠纷，影响双方合作关系。根据相关规定，超额扣留可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。

六、建议与注意事项

1. 合同约定明确：发承包双方在签订合同时应明确约定工程质量保证金的预留比例、方式、期限以及返还条件等关键条款，以避免后续纠纷。
2. 合规性审查：确保预留比例和时限符合法规要求，避免超额或超期扣留。同时，关注当地相关政策对质保金比例的微调或规范。
3. 风险管理：发包方应评估承包方的履约能力和信誉度，确保质保金能有效保障工程质量；承包方则需关注质保金的返还条件和期限，保障自身权益。

综上所述，虽然工程质量保证金并非必须留存，但预留工程质量保证金是一种常见的做法，有助于确保工程质量和缺陷修复责任的履行。在实际操作中，发承包双方应严格遵守相关法律法规和合同条款的规定，确保质量保证金的合理预留和使用。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。