协议搬迁房产变更产权人对后期拿搬迁款一般没有影响。下面我将详细解释这一结论：

在协议搬迁的过程中，产权人的变更通常是通过合法的产权转让手续完成的，一旦产权转让完成，新的产权人就成为了该房产的合法所有人。在搬迁协议中，通常会明确约定搬迁款的支付对象，即房产的产权人。因此，当产权人发生变更后，只要新的产权人能够证明其合法的产权身份，并且搬迁协议中没有特别约定限制产权人变更后搬迁款的支付，那么新的产权人就有权按照搬迁协议的约定获得搬迁款。

当然，也存在一些特殊情况，比如搬迁协议中可能规定了特定的支付条件或限制，或者产权变更过程中存在争议或未完成的法律手续等，这些都可能影响搬迁款的支付。但一般来说，只要产权变更合法且有效，且搬迁协议中没有特别约定，那么产权人的变更就不会对后期拿搬迁款产生影响。

因此，在进行协议搬迁房产变更产权人时，建议咨询专业律师或相关部门，确保产权变更的合法性和有效性，并仔细审查搬迁协议中的条款，以避免可能出现的纠纷和风险。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。