关于市级农业农村部门下属事业单位审批高标准农田建设项目的合法性，这主要取决于具体的法律法规以及地方政策的规定。以下是我根据现有信息给出的详细解答：

首先，从国家层面来看，农业部办公厅印发的《关于进一步规范和制约农业建设项目审批权力的办法》中，明确提到了审批权限的下放问题。该办法指出，为了加强农业建设项目审批权力的监督和制约，规范项目管理行为，提高项目管理水平，农业部将部分审批权限下放至省级农业行政主管部门，并相应下放了涉及建设地点、建设内容、建设规模、建设投资的相关变更审批和竣工验收权限。然而，这一办法并未直接提及市级农业农村部门或其下属事业单位的审批权限。

接下来，我们参考地方政策。以《重庆市农田建设项目管理实施办法》为例，该办法在修订后，对农田建设项目的规划与管理、项目申报与审批等流程作出了具体规定。其中，关于审批权限，办法明确提到将农田建设项目立项审批、竣工验收等权限下放至区县（即市级以下的行政区域）。这一规定表明，在重庆市，市级农业农村部门或其下属事业单位可能并不直接拥有高标准农田建设项目的审批权限，而是由区县农业农村部门负责。

但需要注意的是，不同地区的政策可能存在差异。有些地区可能会根据实际情况，将部分审批权限进一步下放至市级或更下级的农业农村部门，或者设立特定的审批机制。因此，要确定市级农业农村部门下属事业单位是否具备审批高标准农田建设项目的合法性，需要查阅当地的具体政策文件或咨询相关部门。

综上所述，市级农业农村部门下属事业单位是否具备审批高标准农田建设项目的合法性，并非一概而论，而是取决于具体的法律法规以及地方政策的规定。如果您需要更确切的信息，建议您查阅当地农业农村部门发布的最新政策文件，或直接咨询相关部门以获取准确答复。