小企业生活污水不纳管是否会被罚款以及罚款是否合法，需分情况讨论，具体如下：
若当地环保法规明确要求生活污水纳管，且小企业未按规定执行：
- 会被罚款：根据《中华人民共和国水污染防治法》等相关法律法规，企业事业单位和其他生产经营者应当按照国家有关规定设置排污口，并确保其符合环保要求。若小企业生活污水未接入市政污水管网（即不纳管），且该行为违反了当地环保法规或排污许可的具体要求，环保部门有权依法对其进行处罚，包括罚款。
- 罚款合法：罚款作为行政处罚的一种，其合法性取决于是否依法进行。若环保部门在处罚前进行了充分的调查取证，确认了小企业的违法行为，并依据相关法律法规作出了罚款决定，且该决定程序合法、内容适当，则罚款是合法的。
若当地环保法规未明确要求生活污水必须纳管，或小企业因特殊原因无法纳管且已采取合理替代措施：
- 可能不会被罚款：如果当地环保法规并未明确要求所有小企业都必须将生活污水接入市政污水管网，或者小企业因地理位置、经济条件等特殊原因确实无法纳管，并且已经采取了如建设污水处理设施、定期委托专业机构处理等合理替代措施，那么环保部门可能不会对其进行罚款。
- 罚款需谨慎：即使在这种情况下，如果环保部门认为小企业的替代措施不足以有效防止水污染，或者小企业未按照环保部门的要求进行整改，仍有可能面临罚款等行政处罚。但此时，环保部门需要充分证明小企业的行为确实违反了相关法律法规或排污许可的要求，且罚款决定需依法进行。
建议：
- 小企业应密切关注当地环保法规和政策动态，确保自身排污行为符合法律要求。
- 若因特殊原因无法纳管，应及时与环保部门沟通并寻求合理解决方案，如建设污水处理设施或委托专业机构处理等。
- 如遇环保部门处罚，应积极配合调查并依法行使陈述、申辩等权利，必要时可寻求法律援助或提起行政复议、行政诉讼等法律途径维护自身合法权益。
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