离职协议中工资、年终奖、补偿金的个税承担问题，通常取决于双方的协商约定，若无明确约定，则一般由支付方作为法定扣缴义务人进行代扣代缴。以下是对这一问题的详细分析：

一、个税承担的一般原则

在离职协议中，关于工资、年终奖、补偿金的个税承担问题，首先应当遵循的是双方的协商约定。如果离职协议中明确规定了这些费用的个税由哪一方承担，那么双方就应当按照协议来执行。这种约定是合法有效的，因为税收法律允许纳税人和扣缴义务人之间就税款的承担进行约定（但不得违反法律的强制性规定，如不得约定由国家承担税款等）。

二、无约定时的个税承担

如果离职协议中没有明确约定工资、年终奖、补偿金的个税由谁承担，那么根据税收法律的相关规定，这些费用的个税一般由支付方作为法定扣缴义务人进行代扣代缴。具体来说：

1. 工资个税：根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，工资、薪金所得属于个人所得税的征税范围。在离职时，如果支付方支付了工资，那么支付方就有义务代扣代缴相应的个人所得税。

2. 年终奖个税：年终奖也属于工资、薪金所得的一部分，因此同样需要缴纳个人所得税。如果离职协议中涉及年终奖的支付，且没有约定个税承担方，那么支付方也有义务代扣代缴年终奖的个人所得税。

3. 补偿金个税：对于离职补偿金（如经济补偿金、赔偿金等），其个税的承担也遵循类似的原则。如果离职协议中没有明确约定，那么支付方同样需要作为法定扣缴义务人代扣代缴相应的个人所得税。不过，需要注意的是，根据税收法律的规定，某些特定的补偿金（如因解除劳动合同而支付的一次性补偿金）可能享受一定的税收优惠政策，具体计算方式需根据相关法律法规进行。

三、实际操作中的建议

1. 明确约定：为了避免后续的纠纷和争议，建议在离职协议中明确约定工资、年终奖、补偿金的个税承担方。这样不仅可以明确双方的权利和义务，还可以减少不必要的法律风险和成本。

2. 了解税收政策：在签订离职协议前，双方都应当了解相关的税收政策规定，以便更好地协商和约定个税的承担问题。如果可能的话，可以咨询专业的税务机构或律师进行税务筹划和咨询。

3. 保留相关证据：在履行离职协议的过程中，双方都应当保留好相关的证据和文件（如离职协议、支付凭证、税务申报表等），以便在后续出现争议时能够提供有力的证据支持自己的主张。

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