政府采购过程中，一般不可以对实质性条款通过澄清的方式进行修改，但可以在特定条件下对招标文件进行修改，包括实质性条款的调整。以下是对这一问题的详细分析：
澄清的相关规定与限制
定义与目的：
- 澄清是指在投标过程中，针对招标文件或投标文件中存在的不明确、有歧义或容易引起误解的内容，由采购人、采购代理机构、评标委员会要求投标人进行进一步解释、说明或补充，或由投标人主动提出解释的过程。
- 其核心目的在于确保所有投标人对招标文件的理解一致，消除因理解差异导致的竞争不公，帮助评标委员会更准确地评估投标文件。
限制与要求：
- 澄清不得改变投标文件的实质性内容，如报价、技术方案、服务承诺等。这是澄清的重要限制，也是保障采购活动公平、公正的关键。
- 投标人的澄清回复必须以书面形式提交，并且内容不得超出投标文件的范围或改变其实质性内容。
修改的相关规定与条件
定义与目的：
- 修改是指在投标截止时间前，采购人或采购代理机构对招标文件中存在的错误、遗漏、不合理条款或因政策调整等原因，对招标文件内容进行实质性的修订和补充。
- 其目的是为了纠正错误，提高招标的准确性和合理性，确保采购活动符合最新要求和标准。
方式与时间要求：
- 修改必须以书面形式通知所有获取招标文件的潜在投标人，以确保信息的透明和公平传递。
- 采购人或采购代理机构应当在投标截止时间至少15日前发出修改通知；若不足15日，则应顺延提交投标文件的截止时间，以确保潜在投标人有足够的时间调整投标方案。
范围与影响：
- 修改内容可以涉及招标文件的各个方面，包括但不限于采购需求、技术规格、商务条款、评标方法和标准等，这自然也包括实质性条款的调整。
- 修改后的招标文件成为后续采购活动的依据，投标人需按照修改后的要求编制投标文件。
实际操作中的注意事项
- 区分澄清与修改：澄清主要针对投标人对招标文件的理解问题，不改变实质性内容；而修改则涉及招标文件整体内容的变更，可能包括实质性条款的调整。
- 及时响应与准确传递：投标人和招标方都应密切关注澄清和修改的需求和机会，确保信息的准确传递和及时响应，以避免因信息不畅或误解而导致的采购失误。
- 谨慎评估与调整：对于需要修改的内容，投标人应谨慎评估其影响和风险，并在规定时间内完成修改和提交。同时，招标方也应确保修改的合理性和必要性，以维护采购活动的公平、公正和顺利进行。
综上所述，政府采购过程中，对实质性条款的修改需通过正式的修改程序进行，而非澄清。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。