判决生效后检察机关才移送作案工具的，一般不影响对作案工具的处理，法院仍会依法对作案工具进行没收等处理，但若存在程序违法等特殊情况，可能会影响处理结果。以下分情况详细说明：
- 正常程序下的处理
- 在刑事诉讼中，作案工具通常作为证据使用，在案件审理过程中，检察机关会随案移送相关证据材料，包括作案工具。不过，也存在一些特殊情况，比如因作案工具的特殊性（如体积庞大、不易搬运等），在侦查阶段可能先进行拍照、录像等方式固定证据，而在判决生效后才实际移送作案工具。
- 根据《中华人民共和国刑法》第六十四条规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。所以，只要作案工具属于供犯罪所用的本人财物，在判决生效后，法院依然会依法作出没收的裁定，交由相关执行部门执行没收程序，将作案工具上缴国库或者按照规定进行处理。例如，犯罪嫌疑人使用自己的车辆作为运输毒品的工具，在判决生效后，该车辆就会被依法没收。
- 存在程序违法等特殊情况的处理
- 如果检察机关在判决生效后才移送作案工具是因为在之前的诉讼程序中存在严重的程序违法问题，比如没有依法对作案工具进行查封、扣押等措施，导致作案工具的来源、保管等环节存在疑问，可能会影响对作案工具的认定和处理。
- 在这种情况下，被告人及其辩护人可以提出异议，法院会对相关情况进行审查。如果确实存在程序违法且可能影响公正审判的情形，法院可能会根据具体情况作出相应的处理，比如裁定撤销原判，发回重审；或者对涉及作案工具的处理部分进行纠正等。例如，在查封作案工具时没有按照法定程序制作查封清单，导致作案工具的数量、特征等与案件事实不符，法院在审查后可能会要求检察机关补充相关证据或者对处理结果进行调整。
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