结论：借款合同一审未主张诉讼时效，二审一般不可以再主张，但存在例外情况。
分析说明：
一般原则：
- 根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第三条：“当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出的，人民法院不予支持，但其基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间的情形除外。” 这表明，在一般情况下，如果当事人在一审期间没有提出诉讼时效的抗辩，那么在二审期间提出，法院将不予支持。
例外情况：
- 存在例外，即如果当事人在二审期间能够基于新的证据证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间，那么法院可能会支持其诉讼时效的抗辩。这里的“新的证据”通常指的是在一审期间无法获取或未被发现的证据，这些证据在二审期间被提出，且能够直接证明对方当事人的请求权已经超过了法定的诉讼时效期间。
法律建议：
- 一审阶段：在借款合同纠纷的一审阶段，如果认为对方的请求权已经超过了诉讼时效期间，应当及时提出诉讼时效的抗辩，以维护自己的合法权益。
- 二审阶段：如果在一审阶段未提出诉讼时效的抗辩，且没有新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间，那么在二审阶段再提出诉讼时效的抗辩，法院将不予支持。因此，在二审阶段提出诉讼时效抗辩前，应仔细评估是否有新的证据能够支持自己的主张。
可能后果：
- 如果在一审阶段未提出诉讼时效抗辩，且二审阶段没有新的证据支持，那么法院将不会支持其诉讼时效的抗辩，当事人可能需要承担不利的法律后果，如履行还款义务等。
- 如果在二审阶段能够提出新的证据证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间，且法院予以采纳，那么当事人可能免除还款义务或减少还款金额等。
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