结论：个人跟公司签的经费使用协议是否有效，需根据协议内容、签订主体及目的、是否违反法律法规强制性规定等多方面因素综合判断。若协议内容合法、签订主体适格且目的正当，则协议有效；反之，则可能无效或部分无效。以下从不同角度进行详细分析：

一、协议内容合法性

1. 协议条款明确性：经费使用协议应明确约定经费的使用范围、方式、期限、审批流程、违约责任等关键条款。若协议条款清晰、明确，无歧义，且符合法律法规的规定，则协议内容合法。
2. 不违反法律法规强制性规定：协议内容不得违反法律法规的强制性规定，如不得约定将公司财产非法转移至个人名下，或利用经费进行违法活动等。若协议内容违反法律法规强制性规定，则该部分条款无效，但不影响其他合法条款的效力。

二、签订主体及目的

1. 签订主体适格：经费使用协议的签订主体应为公司与个人，且个人应为公司员工或受公司委托处理特定事务的人员。若签订主体不适格，如个人并非公司员工或未受公司委托，则协议可能因主体不适格而无效。
2. 目的正当性：经费使用协议的目的应正当、合法，旨在规范公司经费的使用，保障公司财产安全。若协议目的不正当，如为了侵占公司财产或进行其他违法活动，则协议无效。

三、职务侵占与协议效力的关系

1. 职务侵占行为不影响协议本身效力：职务侵占是个人利用职务上的便利，将公司财物非法占为己有的行为。该行为本身并不直接导致经费使用协议无效。但是，如果协议是职务侵占行为的一部分，或者协议内容本身就是为了实施职务侵占而签订的，那么该协议可能因违法而无效。
2. 协议可能作为职务侵占的证据：在职务侵占案件中，经费使用协议可能作为证明个人侵占公司财产的证据之一。如果协议内容显示个人存在侵占公司财产的行为，或者协议签订、履行过程中存在违法违规行为，那么该协议可能被法院认定为无效，并作为认定个人职务侵占行为的依据。

四、法律建议

1. 审查协议内容：在签订经费使用协议前，应仔细审查协议内容，确保条款合法、明确、无歧义，且符合法律法规的规定。
2. 明确签订主体及目的：确保签订主体适格，且协议目的正当、合法。避免与无权代表公司签订协议的人员签订协议，或签订目的不正当的协议。
3. 遵守法律法规：在协议签订、履行过程中，应严格遵守法律法规的规定，不得利用协议进行违法活动或侵占公司财产。
4. 及时咨询专业律师：若对协议效力或职务侵占行为存在疑问，应及时咨询专业律师，以便获得专业的法律意见和帮助。

综上所述，个人跟公司签的经费使用协议是否有效，需根据协议内容、签订主体及目的、是否违反法律法规强制性规定等多方面因素综合判断。若您对此存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。