在起诉挂靠但法院查明实际是转包的情况下，法院应当进行释明。以下从多个角度对此问题进行分析：
一、法院释明的法律依据与原则
根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》的相关精神，法院在审理案件过程中，如果发现当事人主张的法律关系性质或者民事行为效力与法院根据案件事实作出的认定不一致的，法院应当告知当事人可以变更诉讼请求。这一规定体现了法院在审理案件时的释明义务，旨在确保诉讼的公正性和效率性，避免当事人因法律认知不足而遭受不必要的损失。
二、挂靠与转包的区别及法院释明的必要性
挂靠与转包的区别：
- 挂靠通常指的是没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义进行施工的行为。
- 转包则是指承包单位承包建设工程后，不履行合同约定的责任和义务，将其承包的全部建设工程转给他人或者将其承包的全部建设工程肢解以后以分包的名义分别转给其他单位承包的行为。
法院释明的必要性：
- 当事人可能因对法律关系的理解不准确而错误地选择了起诉的案由（如将转包误认为挂靠）。
- 如果法院不进行释明，直接以当事人主张的案由进行审理，可能导致判决结果与案件事实不符，损害当事人的合法权益。
- 通过释明，法院可以引导当事人正确理解法律关系，变更诉讼请求，从而确保诉讼的顺利进行和判决结果的公正性。
三、法院释明的具体操作与影响
具体操作：
- 法院在审理过程中，如果发现当事人主张的挂靠关系与案件事实不符，实际为转包关系，应当向当事人进行释明。
- 释明的内容应包括：指出当事人主张的法律关系性质与法院认定不一致的情况，询问当事人是否变更诉讼请求，并告知变更诉讼请求的法律后果。
影响：
- 如果当事人同意变更诉讼请求，法院将按照新的诉讼请求进行审理，这有助于确保诉讼的针对性和效率性。
- 如果当事人拒绝变更诉讼请求，法院将根据案件事实和法律规定作出判决，但此时判决结果可能与当事人最初的预期不符。
四、当事人的应对策略
积极配合法院释明：
- 当事人应认真听取法院的释明内容，理解法院对法律关系的认定和变更诉讼请求的建议。
- 如果认为法院的认定有误或有自己的合理理由坚持原诉讼请求，可以向法院充分阐述自己的观点和理由。
及时调整诉讼策略：
- 如果经过法院释明后，当事人认识到自己的主张确实存在错误或不合理之处，应及时调整诉讼策略，变更诉讼请求或补充证据材料。
- 这有助于避免不必要的诉讼风险和损失，提高诉讼的胜诉率。
总结来说，在起诉挂靠但法院查明实际是转包的情况下，法院应当进行释明。这是法院履行释明义务、确保诉讼公正性和效率性的重要体现。当事人应积极配合法院的释明工作，及时调整诉讼策略，以维护自己的合法权益。如果您在建设工程领域遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。