工程违法转包情形下，增值税的处理需分情况讨论，核心结论如下：
违法转包本身不影响增值税的计税依据，转包方仍需按实际收取的价款申报增值税
根据《增值税暂行条例》及实施细则，增值税的计税依据是纳税人销售货物、提供劳务或服务时收取的全部价款和价外费用。即使转包行为被认定为违法（如未取得资质、未履行法定程序等），转包方仍需以实际收取的工程款为基数，按适用税率（如建筑服务9%）计算增值税销项税额，并向发包方开具合规发票。
例外情形：若转包方未实际参与施工，仅收取“管理费”等名义费用，税务机关可能将此类费用认定为“价外费用”，要求并入销售额计税。
违法转包可能导致税务风险，但增值税处理与合法转包无本质区别
违法转包的主要法律后果是行政处罚（如罚款、停业整顿等），但税务处理上，增值税仍需按实际交易申报。不过，若转包方通过虚假合同、资金回流等方式隐瞒收入，可能触发《税收征收管理法》中的“偷税”条款，面临补缴税款、滞纳金及罚款（0.5倍至5倍税款）的风险。
建议：转包方应确保合同、资金流、发票流“三流一致”，避免因形式瑕疵被认定为偷税。
实际施工人（被转包方）需自行申报增值税，与转包方无关
实际施工人作为独立纳税人，需就其实际完成的工程量对应的价款申报增值税。若转包方已向发包方开具全额发票，实际施工人可能需向转包方开具发票（如转包方需抵扣进项税），但增值税的最终承担者仍是实际施工人。
注意：若实际施工人未按规定申报纳税，转包方可能因未履行代扣代缴义务（如个人所得税）被追责，但增值税无代扣代缴要求。
总结：违法转包不改变增值税的计税规则，转包方和实际施工人均需按实际交易申报纳税，但违法转包可能因行政处罚或税务稽查增加合规成本。如有具体案例或细节需进一步分析，可直接向我咨询。