结论：公司的货款通过采购员对不上账，法院是否会处理取决于具体情况。若涉及民事纠纷且符合起诉条件，法院会受理；若涉嫌刑事犯罪，公安机关会先立案侦查，符合起诉条件后检察院会提起公诉，法院也会进行审理。以下是对此问题的详细分析：

一、民事纠纷角度

1. 起诉条件：

   • 若公司因采购员对不上账而遭受经济损失，且认为采购员存在过错或违约行为，公司可以作为原告向法院提起民事诉讼。
   • 起诉需满足《民事诉讼法》规定的条件，包括原告与本案有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实理由，以及属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

2. 法院处理流程：

   • 法院在受理案件后，会依法进行审理，包括开庭审理、调查取证、辩论等环节。
   • 若法院认定采购员存在过错或违约行为，且该行为与公司货款对不上账有直接因果关系，法院可能会判决采购员承担相应的民事责任，如赔偿损失等。

二、刑事犯罪角度

1. 涉嫌罪名：

   • 若采购员利用职务上的便利，将公司货款非法占为己有，数额较大，可能涉嫌职务侵占罪。
   • 若采购员与公司其他人员勾结，共同侵占公司货款，还可能涉嫌共同犯罪。

2. 刑事诉讼流程：

   • 若公司发现采购员涉嫌刑事犯罪，应首先向公安机关报案。
   • 公安机关在立案侦查后，若认为符合起诉条件，会将案件移送检察院审查起诉。
   • 检察院在审查起诉后，若认为犯罪事实清楚，证据确实充分，会向法院提起公诉。
   • 法院在受理公诉案件后，会依法进行审理，并作出判决。

三、建议与措施

1. 完善内部管理：

   • 公司应建立健全的财务管理制度，加强对采购、销售等关键环节的监督和管理，防止类似事件再次发生。
   • 定期对账，确保账目清晰、准确，及时发现并纠正问题。

2. 及时采取法律措施：

   • 若发现采购员存在过错或违约行为，公司应及时与其沟通，要求其承担相应责任。
   • 若沟通无果或涉嫌刑事犯罪，公司应及时向法院提起民事诉讼或向公安机关报案，以维护自身合法权益。

3. 寻求专业法律帮助：

   • 在处理此类纠纷时，公司可以寻求专业律师的帮助，以获取更全面、准确的法律意见和诉讼策略。

总结来说，公司的货款通过采购员对不上账，法院是否会处理取决于具体情况。若涉及民事纠纷且符合起诉条件，法院会依法受理并审理；若涉嫌刑事犯罪，则公安机关会先立案侦查，符合起诉条件后检察院会提起公诉，法院也会进行审理。因此，公司应根据实际情况及时采取法律措施，以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。