货款已付清但保证金未退的情况下，是可以写结清证明的，但结清证明的内容需要特别注明保证金未退的情况，以避免未来可能产生的纠纷。以下是对此问题的详细分析：
一、结清证明的基本作用
结清证明是证明双方之间某种交易或债务已经全部结清的书面文件。在货物买卖合同中，结清证明通常用于证明买方已经支付了全部货款，卖方已经交付了全部货物，双方之间的合同义务已经履行完毕。然而，如果保证金尚未退还，这一情况需要在结清证明中明确注明。
二、保证金未退在结清证明中的处理
明确注明保证金未退：在撰写结清证明时，应明确注明“货款已全部付清，但保证金尚未退还”。这样既能证明货款已经结清，又能避免未来因保证金问题产生的纠纷。
约定保证金退还时间和方式：如果双方对保证金的退还时间和方式有约定，应在结清证明中一并注明。这有助于明确双方的权利和义务，减少未来可能出现的争议。
三、可能产生的法律后果
如果结清证明中未注明保证金未退：未来如果卖方拒绝退还保证金，买方可能面临举证困难的问题。因为结清证明通常被视为双方之间交易已经结清的证据，如果未注明保证金未退，买方可能需要提供其他证据来证明其有权要求退还保证金。
如果结清证明中明确注明了保证金未退：未来如果卖方拒绝退还保证金，买方可以依据结清证明来维护自己的权益。结清证明将作为买方有权要求退还保证金的直接证据。
四、建议
在撰写结清证明时务必谨慎：确保结清证明的内容准确无误，特别是关于保证金的部分。如果可能的话，可以请专业律师协助撰写或审核结清证明。
保留好相关证据：除了结清证明外，还应保留好与保证金相关的所有证据，如保证金收据、合同条款等。这些证据将在未来可能出现的纠纷中发挥重要作用。
及时沟通协商：如果卖方拒绝退还保证金，买方应及时与卖方沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。