针对您提出的“私自修改已开票的发票怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，私自修改已开票的发票是违法行为，这种行为可能涉及到虚开发票的范畴，根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关税收法规，我将为您详细阐述相关处理原则和流程。

一、私自修改发票的违法性

私自修改已开票的发票，无论是修改发票上的金额、数量、税率还是其他关键信息，都构成了对发票真实性的破坏，这种行为很可能被视为虚开发票。虚开发票不仅违反了税收法规，还可能触犯刑法，导致严重的法律后果。

二、虚开发票的处理原则

1. 不予抵扣进项税款或出口退税：

   • 对于取得的虚开发票，无论是否已经抵扣进项税款或办理出口退税，都应按规定不予抵扣或退税。
   • 如果已经抵扣或退税，应依法追缴已抵扣的进项税款或已取得的出口退税款。

2. 善意取得虚开发票的特殊处理：

   • 如果购货方在不知情的情况下取得了虚开的专用发票，并用于进项抵扣或办理出口退税，且符合善意取得的条件，那么不以偷税或骗取出口退税论处。
   • 但即便如此，购货方仍需按有关规定不予抵扣进项税款或不予出口退税；如果已经抵扣或退税，应依法追缴。
   • 若购货方能够重新从销售方取得合法、有效的专用发票，则依法准予抵扣进项税款或出口退税。

3. 异常扣税凭证的处理：

   • 如果增值税一般纳税人取得的增值税专用发票被列入异常凭证范围，尚未申报抵扣增值税进项税额的，暂不允许抵扣；已经申报抵扣的，除另有规定外，一律作进项税额转出处理。
   • 对于出口退税，也有类似的处理规定，即暂不允许办理出口退税，已办理的需根据具体情况作进项税额转出处理或追回已退税款。

三、建议与措施

1. 加强财务管理：

   • 企业应建立健全的财务管理制度，确保发票的开具、接收、保管和报销等环节都符合税收法规的要求。
   • 定期对发票进行查验，利用税务机关提供的免费查询渠道（如全国增值税发票查验平台）核实发票的真伪。

2. 及时沟通与处理：

   • 如果发现取得的发票存在问题（如被私自修改），应立即与销售方沟通，要求其重新开具合法、有效的发票。
   • 如果无法与销售方取得联系或销售方拒绝重新开具发票，应及时向主管税务机关报告，并配合税务机关的调查和处理工作。

3. 遵守税收法规：

   • 企业应严格遵守税收法规，不参与任何形式的虚开发票行为，维护税收秩序和公平竞争的市场环境。

综上所述，私自修改已开票的发票是违法行为，应受到严厉打击。企业应加强财务管理，确保发票的真实性和合法性，并及时与税务机关沟通处理发票问题。如果您在处理过程中遇到任何疑问或困难，建议咨询专业的税务顾问或律师以获取更具体的指导和帮助。