关于您与员工协商作废几年前开的务工证明是否具有法律效力的问题，结论前置如下：
若务工证明本身不涉及法律权益，且双方自愿协商作废，则该协商行为具有法律效力。务工证明通常只是证明员工在某段时间内在某单位工作的文件，若其内容不涉及员工的工资、福利、社保等法律权益，且双方自愿达成一致意见，同意作废该证明，那么这种协商行为是有效的。因为双方作为平等的民事主体，有权对自己的民事行为进行处分，包括作废相关证明文件。
若务工证明涉及员工的法律权益，如工资、福利、社保等，则协商作废需谨慎，可能因损害员工权益而无效。务工证明若包含了员工的工资、福利、社保等关键信息，这些信息与员工的切身利益紧密相关。在这种情况下，如果双方协商作废该证明，可能会损害员工的合法权益。根据《民法典》的相关规定，民事法律行为不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。若协商作废务工证明的行为损害了员工的合法权益，那么该行为可能因违反法律规定而无效。
进一步分析：
务工证明的性质：务工证明是证明员工在某单位工作过的文件，其性质属于证明文件。证明文件本身并不直接设定、变更或消灭法律关系，但它可以作为证明法律关系存在或变更的证据。因此，务工证明的法律效力主要取决于其内容是否涉及法律权益。
协商作废的法律后果：协商作废务工证明，实质上是双方对原证明文件效力的否定。如果原证明文件不涉及法律权益，那么这种否定行为不会对双方产生法律上的约束力或影响。但如果原证明文件涉及法律权益，那么这种否定行为可能会引发法律纠纷，因为一方可能因此遭受损失。
法律建议：在协商作废务工证明前，建议您先仔细审查证明文件的内容，确定其是否涉及员工的法律权益。如果不涉及，且双方自愿协商作废，那么可以签署一份书面协议，明确双方的权利义务和作废证明的具体事宜。如果涉及法律权益，建议您谨慎处理，最好咨询专业律师的意见，以确保协商作废的行为不会损害员工的合法权益，也不会给您带来法律风险。
最后，如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。作为专注于劳动纠纷领域的律师，我将竭诚为您提供专业、全面的法律服务。