公司间往来款在符合相关法律法规、公司章程及税务规定，且基于真实交易和合理目的的情况下是合法的。以下从多个角度进行详细分析：

一、合法情况与条件

1. 正常经营业务往来

   • 公司间因真实的交易活动（如采购、销售、提供服务等）产生的资金往来，基于合同约定进行的货款支付、服务费用结算等，属于正常的商业交易行为，是合法合规的。例如，A公司向B公司采购原材料，按照合同约定支付货款，这种资金往来就是合法的。

2. 合理的资金支持

   • 公司间出于企业整体运营和发展需要，进行资金拆借、借款等活动，只要符合相关法律法规和公司章程的规定，并签订规范的借款合同，明确借款金额、用途、期限、利率等条款，也是合法的。但需注意，企业间借贷需遵守相关金融监管规定，不得从事非法金融业务活动。

3. 符合财务和税务规定

   • 资金往来需遵循会计准则，准确记录和披露，并按照税法规定进行税务处理，缴纳相关税费。例如，企业间借款产生的利息收入，出借方需依法缴纳增值税和企业所得税（如符合免税条件则除外），借款方支付的利息在符合税法规定的范围内可在税前扣除。

4. 目的正当

   • 资金往来必须是为生产、经营需要而进行的，不能存在违法行为，如套取金融机构信贷资金高利转贷、出借给用于违法犯罪活动的借款人等。

5. 内部审批与公告程序

   • 关联公司间的资金往来（尤其是重大关联交易）应经过公司内部必要的审批程序，并确保符合公司章程规定。同时，对于上市公司及其关联公司，还需按照证券监管机构的监管规定和披露要求进行审批和披露。

二、违法情况

1. 操纵财务报表

   • 通过虚构资金往来、不合理的交易安排等手段调整利润、粉饰财务报表，以误导投资者、债权人等利益相关者，这种行为违反了《中华人民共和国会计法》《中华人民共和国证券法》等相关法律法规对财务信息真实性的要求，是违法的。

2. 非法转移资产

   • 公司间恶意串通，利用资金往来的形式将公司资产非法转移，损害公司、股东或债权人的利益，这种行为可能构成侵权或犯罪，如职务侵占罪、挪用资金罪等。

3. 逃避税收

   • 通过不合理的定价、虚假交易等资金往来方式人为调节利润，以达到逃避纳税义务的目的，这种行为违反了税收法律法规，将受到税务机关的查处，可能面临补缴税款、滞纳金和罚款等法律后果。

4. 违反上市规则或监管要求

   • 上市公司及其关联公司的资金往来需严格遵守证券监管机构的监管规定和披露要求。未按规定进行审批、披露或存在其他违反上市规则的情形，将面临监管处罚，如警告、罚款、暂停或终止上市等。

三、注意事项与建议

1. 完善内部管理制度

   • 公司应建立健全内部管理制度，明确关联交易的审批流程、信息披露要求及违规责任等，确保资金往来的合法性和合规性。例如，可以制定《关联交易管理制度》，对关联交易的认定、审批、披露等环节进行规范。

2. 保留相关证据

   • 在进行资金往来时，应妥善保留借款合同、转账记录、发票等相关证据，以备不时之需。这些证据在发生纠纷时可以作为证明资金往来合法性和合规性的重要依据。

3. 加强法律与税务培训

   • 公司应定期对相关人员进行法律和税务培训，提高其对关联交易合法性及税务合规性的认识和操作能力。例如，可以邀请专业律师或税务师进行授课，讲解相关法律法规和税务政策。

4. 咨询专业意见

   • 在进行复杂的资金往来或关联交易时，建议咨询专业律师或税务师的意见，以确保合规性并降低风险。他们可以根据具体情况提供针对性的法律建议和税务筹划方案。

综上所述，公司间往来款的合法性取决于是否符合相关法律法规、公司章程及税务规定，以及是否基于真实交易和合理目的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。