在诉讼案件中，被告主张事实不存在时，举证责任的承担需根据诉讼类型及具体情形综合判断，不能一概而论。以下从民事诉讼、刑事诉讼、行政诉讼三个角度为您详细分析：

一、民事诉讼领域

1. “谁主张、谁举证”的一般原则
   在民事诉讼中，举证责任通常遵循“谁主张、谁举证”的原则。若被告主张某事实不存在（如否认合同签订、否认侵权行为发生），一般由被告承担反驳对方主张的举证责任。例如：

   • 原告主张被告借款未还，需提供借条、转账记录等证据；
     
   • 被告若否认借款事实，需提供反证（如还款凭证、双方无经济往来的证据）或证明原告证据不真实（如借条系伪造）。
     

2. 特殊情形下的举证责任倒置
   在部分特殊侵权纠纷中，法律明确规定由被告承担举证责任。例如：

   • 环境污染侵权纠纷：被告需证明其排污行为与损害结果之间不存在因果关系；
     
   • 高度危险作业纠纷：被告需证明损害由受害人故意造成，否则需承担责任。
     

二、刑事诉讼领域

1. 控方承担举证责任
   刑事诉讼中，公诉机关（检察院）需证明被告人有罪，被告人无需证明自己无罪。若被告主张某犯罪事实不存在（如否认故意杀人、否认盗窃行为），举证责任完全由控方承担。例如：

   • 检察院指控甲故意杀人，需提供凶器、现场监控、证人证言等证据；
     
   • 甲若否认犯罪，无需证明自己不在场或未实施行为，只需对控方证据提出合理质疑。
     

2. 特殊情形下的被告人举证责任
   在极少数罪名中，被告人需承担部分举证责任。例如：

   • 巨额财产来源不明罪：被告人需说明差额部分财产的合法来源，否则可能被定罪；
     
   • 非法持有型犯罪（如非法持有毒品、枪支）：被告人需证明持有物品的合法性（如误持、被栽赃）。
     

三、行政诉讼领域

1. 被告承担举证责任
   行政诉讼中，作出行政行为的行政机关（被告）需证明其行为的合法性。若被告主张某事实不存在（如否认行政处罚依据的事实），需提供证据支持。例如：

   • 原告起诉交警部门违法罚款，交警需提供违章记录、现场照片等证据；
     
   • 交警若主张原告未违章，需提供反证（如监控录像显示原告未违规）。
     

2. 原告的初步举证责任
   在部分案件中，原告需承担初步举证责任。例如：

   • 起诉行政不作为：原告需证明其已向行政机关提出申请（如提交申请书、邮寄凭证）；
     
   • 行政赔偿案件：原告需证明损害结果与行政行为之间的因果关系（如医疗费单据、损失清单）。
     

四、关键注意事项

1. 举证责任与证明标准的区别

   • 举证责任是“谁提供证据”的问题，而证明标准是“证据需达到何种程度”。
     
   • 例如：民事诉讼中，证据需达到“高度可能性”标准；刑事诉讼中，需达到“排除合理怀疑”标准。
     

2. 举证不能的后果

   • 若承担举证责任的一方无法提供证据，可能承担败诉风险。例如：
     
     • 民事诉讼中，原告无法证明借款事实，法院可能驳回诉求；
       
     • 刑事诉讼中，检察院无法证明被告人有罪，法院应判决无罪。
       

3. 灵活运用举证规则

   • 在特殊案件中，可利用举证责任倒置、推定规则等降低举证难度。例如：
     
     • 环境污染纠纷中，被告若无法证明无因果关系，可能被推定承担责任；
       
     • 合同纠纷中，若一方持有关键证据（如账本）拒不提供，法院可推定对方主张成立。
       

总结：被告主张事实不存在时，举证责任的承担需结合诉讼类型及具体情形判断。民事诉讼中一般由被告反驳对方主张，刑事诉讼中由控方证明有罪，行政诉讼中由被告证明行为合法。若您遇到具体案件，可进一步向我咨询，我会结合案情为您详细分析。