市政府规章能否设定1000元罚款，需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若市政府规章的制定权限来源于法律、行政法规或地方性法规的明确授权，且授权范围包含设定罚款，则规章可以在授权范围内设定1000元罚款。例如，某省地方性法规授权市政府就城市管理领域制定规章，并明确可设定“500元至2000元罚款”，此时市政府规章设定1000元罚款属于合法行使授权，具有法律效力。

2. 若市政府规章未获得法律、行政法规或地方性法规的授权，或授权范围未包含设定罚款，则规章无权自行设定罚款。根据《立法法》第九十三条，地方政府规章的行政处罚设定权仅限于“警告、通报批评或者一定数额罚款”，但“一定数额”的具体标准需由省、自治区、直辖市人大常委会通过地方性法规确定。若某省未通过地方性法规明确市政府规章的罚款上限（如未规定“市政府规章可设定最高1000元罚款”），则市政府规章设定1000元罚款可能因超出法定权限而被认定无效。

实务建议：若需确认某市政府规章的罚款设定是否合法，需核查两点：

• 该规章是否基于法律、行政法规或地方性法规的明确授权；
  
• 授权的地方性法规是否规定了市政府规章可设定的罚款上限（如“最高1000元”），且1000元未超过该上限。
  

若您遇到具体规章的罚款争议，可直接向我咨询，我会结合具体条款和地方性法规为您详细分析。