抵押权不会因超过抵押期限（即主债权诉讼时效期间）而直接消灭，但抵押权人会因此丧失通过人民法院司法强制保护实现抵押权的权利。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与规定
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百一十九条，抵押权人应当在主债权诉讼时效期间行使抵押权；未行使的，人民法院不予保护。这一条款明确了抵押权的行使期限与主债权的诉讼时效相关联，但并未直接规定超过诉讼时效后抵押权消灭。
诉讼时效期间的规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。超过二十年的，人民法院不予保护，特殊情况下可申请延长。
二、抵押权不随诉讼时效超期而消灭的原因
物权属性的独立性：
- 抵押权作为担保物权，具有从属性特征，但其效力存续独立于债权诉讼时效。即使债权因超过诉讼时效丧失胜诉权，抵押权作为物权的法律地位不受影响，仅其实现可能受限于司法程序。
立法目的的实现：
- 《民法典》通过区分“行使抵押权”与“抵押权消灭”，既督促权利人及时维权，又保障抵押权人对抵押物的优先受偿权。这种制度设计平衡了交易安全与效率价值。
司法实践的延续性：
- 最高院通过判例明确，抵押权存续期间不受主债权诉讼时效限制。例如，相关司法解释及案例中即体现这一裁判规则，强调抵押权不因主债权时效届满而自动灭失。
三、抵押权实现的限制条件
司法保护的时效性：
- 主债权诉讼时效届满后，抵押权人虽保有抵押权，但无法通过司法强制执行程序实现抵押权。此时债务人可援引时效抗辩对抗强制执行申请。
自愿履行的有效性：
- 若债务人在时效届满后仍自愿履行债务或配合处置抵押物，该行为合法有效。抵押权人可通过协商折价、拍卖等方式实现抵押权，但需确保处分过程符合法定程序。
四、抵押权消灭的情形
抵押权除因主债权消灭而消灭外，还可因以下原因而消灭：
- 抵押权实现；
- 抵押物灭失且无替代物或补偿；
- 抵押合同解除；
- 抵押物转让价款提存且债权人同意等。
需要注意的是，主债权超过诉讼时效并不直接导致抵押权消灭，而是影响了抵押权人通过法律程序实现抵押权的权利。
五、实际操作建议
密切关注主债权的诉讼时效：
- 抵押权人应密切关注主债权的诉讼时效，确保在时效期间内行使抵押权，以维护自身权益。
及时采取法律措施：
- 一旦发现主债权可能超过诉讼时效，抵押权人应及时采取法律措施，如与债务人协商、提起诉讼或申请仲裁等，以防止抵押权因时效届满而失去司法保护。
寻求专业法律帮助：
- 在处理涉及抵押权的问题时，抵押权人应寻求专业法律帮助，以确保自身权益得到充分保障。
举例说明：假设甲向乙借款100万元，丙以自己的房屋为该笔借款提供抵押担保，还款期限为2020年1月1日。那么，主债权的诉讼时效从2020年1月2日起算，为期三年，至2023年1月1日止。如果乙在这三年内没有向甲主张债权，也未行使抵押权，到2023年1月2日之后，乙将无法通过诉讼程序强制实现抵押权，即失去了人民法院的保护。然而，如果丙自愿配合乙办理房屋拍卖、变卖等手续来偿还债务，乙仍然有权接受该清偿。
综上所述，抵押权不会因超过抵押期限（即主债权诉讼时效期间）而直接消灭，但抵押权人会因此丧失通过人民法院司法强制保护实现抵押权的权利。因此，在实际操作中，抵押权人应密切关注主债权的诉讼时效，并在时效期间内积极行使抵押权以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。