结论：劳动仲裁中公司不服上诉，并不影响你们申请工伤认定的权利，但需注意申请时效和程序要求。以下从不同角度详细分析：
一、劳动仲裁与工伤认定的关系
劳动仲裁是解决劳动争议的一种方式，主要处理劳动合同、工资、福利、解除劳动关系等争议。而工伤认定是社会保险行政部门依据《工伤保险条例》等规定，对职工因工作遭受事故伤害或患职业病是否属于工伤进行的行政确认。两者性质不同，劳动仲裁的结果并不直接影响工伤认定的申请。
二、公司上诉对工伤认定申请的影响
不影响申请权利：即使公司在劳动仲裁中不服上诉，你们仍然有权向社会保险行政部门申请工伤认定。工伤认定的申请是基于职工因工作遭受事故伤害或患职业病的事实，与劳动仲裁的结果无直接关联。
注意申请时效：根据《工伤保险条例》第十七条，职工发生事故伤害或按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。因此，在申请工伤认定时，需注意上述时效要求，以免错过申请时机。
三、申请工伤认定的程序
准备材料：包括工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料、医疗诊断证明或职业病诊断证明书（或职业病诊断鉴定书）等。
提交申请：将准备好的材料提交至用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门。
审核与调查：社会保险行政部门受理工伤认定申请后，会根据审核需要可以对事故伤害进行调查核实，用人单位、职工、工会组织、医疗机构以及有关部门应当予以协助。
作出决定：社会保险行政部门自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定的决定，并书面通知申请工伤认定的职工或其近亲属和该职工所在单位。
四、后续建议
及时申请：鉴于工伤认定的时效性，建议尽快准备材料并提交申请，以免错过申请时机。
保留证据：在申请工伤认定过程中，需保留好与工作伤害相关的所有证据，如医疗记录、事故现场照片、证人证言等，以备不时之需。
咨询专业律师：如果在申请工伤认定过程中遇到任何问题或困难，可以随时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。
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