结论：住建部门在审查在建工程抵押时，若银行借款合同未明确用于本项目建设，住建部门通常可以通过形式审查来确认抵押的合法性，但具体审查深度和标准可能因地区和具体规定而异。以下是对此问题的详细分析：

1. 形式审查与实质审查的区别：

   • 形式审查：主要关注抵押登记所需的文件是否齐全、格式是否符合规定、签字盖章是否完备等表面要素。它不深入探究抵押背后的经济实质或合同的具体内容。
   • 实质审查：则要求审查机关对抵押的合法性、真实性以及合同的具体内容进行深入调查和核实，包括借款合同的用途、资金流向等。

2. 住建部门的审查职责：

   • 住建部门在办理在建工程抵押登记时，其主要职责是确保抵押登记的合法性和有效性，保护抵押权人的合法权益。这通常包括对抵押物的权属、抵押合同的合法性以及抵押登记手续的完备性进行审查。
   • 在形式审查的框架下，住建部门可能不会深入探究借款合同的具体用途，只要抵押合同本身合法有效，且抵押物权属清晰，即可办理抵押登记。

3. 借款合同用途未明确的影响：

   • 如果银行借款合同未明确用于本项目建设，这并不直接影响抵押的合法性。抵押的合法性主要取决于抵押合同的约定和抵押物的权属状况。
   • 然而，如果借款合同用途与抵押物存在明显的不匹配或矛盾，或者存在其他可能影响抵押权实现的情形，住建部门在审查时可能会要求提供更多信息或进行更深入的调查。

4. 地区差异与具体规定：

   • 不同地区的住建部门可能对在建工程抵押的审查标准有所不同。有些地区可能更倾向于形式审查，而有些地区则可能要求更严格的实质审查。
   • 此外，具体的地方性法规或规章也可能对住建部门的审查职责和标准作出明确规定。因此，在具体操作中，应参考当地的相关规定。

5. 法律建议：

   • 对于银行和借款人而言，在签订借款合同时，应明确约定借款用途，并确保与抵押物相关联，以减少潜在的纠纷和风险。
   • 对于住建部门而言，在审查在建工程抵押时，应依据当地的相关规定和审查标准进行操作，确保抵押登记的合法性和有效性。

进一步思考：在实际操作中，如果住建部门对借款合同用途存在疑问或需要更多信息，可能会要求银行或借款人提供补充材料或进行解释说明。因此，银行和借款人在办理在建工程抵押时，应提前准备好相关材料，并确保借款合同的合法性和真实性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。