哥哥在自家宅基地建房，弟弟以宅基地权属存在争议阻挠施工，哥哥是可以起诉的。以下是从多个角度对此问题的详细分析：
一、法律基础与纠纷类型
首先，需要明确的是，宅基地使用权是农村村民的一项重要权利，其权属应当清晰明确。若弟弟以宅基地权属存在争议为由阻挠施工，这实际上构成了一种侵权行为，侵犯了哥哥对宅基地的合法使用权。根据《民事诉讼法》及相关法律规定，因宅基地权属争议引发的纠纷，属于不动产纠纷范畴，可以向宅基地所在地的基层人民法院提起诉讼。
二、起诉前的准备
在决定起诉前，哥哥需要做好以下准备工作：
收集证据：
- 宅基地证件：如宅基地使用证、土地登记文件等，这些是证明宅基地权属和使用范围的关键证据。
- 书面协议：如果之前有过分家协议、家庭财产分割协议等，这些协议中可能明确规定了宅基地的归属和使用情况。
- 证人证言：邻居、村干部等知情人的陈述，可以作为辅助证据来证明纠纷事实。
- 影像资料：照片、视频等，可以直观展示宅基地的现状及变化，有助于法院了解纠纷的具体情况。
明确诉讼请求：
- 哥哥需要明确自己的诉讼请求，如确认宅基地权属、停止侵害（即要求弟弟停止阻挠施工）、赔偿损失（如果因阻挠施工造成了经济损失）等。
三、起诉流程
撰写起诉状：
- 起诉状应明确原被告信息、诉讼请求、事实与理由等关键内容。在事实与理由部分，哥哥需要详细阐述宅基地的权属情况、弟弟阻挠施工的事实及造成的损失等。
提交起诉材料：
- 将起诉状及所有收集到的证据材料提交给宅基地所在地的基层人民法院。提交时，需按照被告人数提供起诉状副本。
法院受理与庭前准备：
- 法院收到起诉材料后，将进行审查。符合立案条件的，会向原告发送受理通知书和举证通知书，并要求缴纳诉讼费用。此后，法院可能组织调解，尝试和解。若调解不成，则安排开庭事宜。
开庭审理与判决：
- 开庭时，哥哥需要陈述诉讼请求和事实理由，弟弟进行答辩。双方围绕争议焦点进行举证、质证和辩论。法庭根据审理情况，依法作出判决或裁定，明确宅基地的权属、使用权或赔偿责任等。
四、可能的法律后果
如果法院判决支持哥哥的诉讼请求：
- 弟弟需要停止阻挠施工，并可能承担赔偿损失等民事责任。如果弟弟未主动履行判决义务，哥哥可以向法院申请强制执行。
如果法院判决不支持哥哥的诉讼请求：
- 这可能意味着哥哥提供的证据不足以证明其对宅基地的合法使用权，或者法院认为弟弟的阻挠行为有合理依据。在这种情况下，哥哥可以考虑是否上诉或寻求其他法律途径解决纠纷。
五、建议与注意事项
保持冷静和理性：
- 在整个诉讼过程中，哥哥需要保持冷静和理性，尊重法律程序和对方当事人的权益。避免采取过激行为或言语攻击，以免加剧矛盾或影响诉讼结果。
寻求专业法律帮助：
- 虽然我已经提供了详细的法律分析和建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在起诉前或诉讼过程中，哥哥可以进一步向我咨询，以获取更具体的法律意见和指导。
综上所述，哥哥在自家宅基地建房时，如果弟弟以宅基地权属存在争议为由阻挠施工，哥哥是可以起诉的。在起诉前，哥哥需要做好充分的准备工作，包括收集证据、明确诉讼请求等。在诉讼过程中，哥哥需要保持冷静和理性，尊重法律程序和对方当事人的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。