合同金额与申请结算金额不一致，并不直接构成违法，但可能涉及合同违约、欺诈等法律问题，具体取决于不一致的原因和双方的行为。以下是对此问题的全面分析：
一、可能的原因及法律定性
合同约定调整机制：
- 若合同中明确约定了价格调整机制（如因市场价格波动、工程量变化等调整合同价格），则结算金额与合同金额不一致是合法的，双方应按照约定执行。
合同变更：
- 在合同履行过程中，双方协商一致变更合同内容（如增加或减少工程量、改变材料规格等），导致结算金额变化，这也是合法的。变更后的合同内容对双方具有约束力。
违约行为：
- 若一方未按照合同约定履行义务（如未按时支付款项、提供的货物或服务不符合约定等），导致结算金额与合同金额不一致，则可能构成违约。违约方需承担违约责任，包括补足差额、支付违约金等。
欺诈行为：
- 若一方故意隐瞒真实情况或提供虚假信息，导致另一方在签订合同时产生误解，从而签订了与实际意图不符的合同，并在结算时提出不一致的金额，则可能构成欺诈。欺诈行为是违法的，受害方有权要求撤销合同并索赔。
二、法律后果及处理方式
合同效力：
- 合同金额与结算金额的不一致通常不影响合同的效力，只要合同是双方真实意思表示且不违反法律法规的强制性规定。但若存在欺诈、胁迫等情形，合同可能被撤销。
违约责任：
- 若因一方违约导致结算金额与合同金额不一致，违约方需承担违约责任。具体责任形式包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。
争议解决：
- 双方应首先通过协商和核对来明确差异原因，并依据合同约定和实际履行情况采取适当措施解决争议。若协商不成，可根据合同中的争议解决条款选择仲裁或诉讼方式解决。
- 在仲裁或诉讼过程中，双方需提供充分证据来证明自己的主张，如合同文本、履行记录、变更通知、沟通记录等。
三、实际操作建议
保留证据：
- 双方在合同履行过程中应妥善保留相关证据，包括合同文本、履行记录、变更通知、沟通记录等，以便在发生争议时提供证明。
及时沟通：
- 一旦发现合同金额与结算金额存在不一致，双方应及时沟通并采取措施解决，避免问题扩大化。通过友好协商达成一致后，可签订补充协议确认结算金额。
寻求专业帮助：
- 若争议无法通过协商解决，建议寻求专业律师的帮助，以便更准确地理解法律规定、评估风险并制定合适的应对策略。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份建筑工程合同，约定工程总价为100万元。在施工过程中，因设计变更导致工程量增加，双方协商一致后签订补充协议，将工程总价调整为120万元。结算时，若按照补充协议执行，则结算金额与合同金额（原合同金额）不一致是合法的。但若甲方在结算时故意少报工程量或乙方在施工过程中偷工减料导致实际工程量减少，而结算时仍按原合同金额主张，则可能构成违约或欺诈。
总结来说，合同金额与申请结算金额不一致并不直接违法，但需根据具体原因和双方行为来判断是否构成违约或欺诈。在处理此类争议时，建议双方保留证据、及时沟通并寻求专业帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。