合同金额和付款金额不一致是否合法，这取决于具体的原因和情境。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

合法的情况

1. 存在合法的变更或调整条款：

   • 如果合同中明确规定了金额可调整的特定条件（如根据实际工作量、政府定价变动等），并且这些条件的出现导致了付款金额的调整，那么这种调整是合法的。例如，在建设工程施工合同中，常会有“按实际工程量结算”的条款，若实际工程量与合同约定不符，付款金额相应调整，这是合法且合理的。

2. 双方协商一致并达成补充协议：

   • 在合同履行过程中，若双方当事人自愿、平等地协商并对合同金额进行了调整，且形成了明确的补充协议，那么按照该补充协议执行的付款金额与原合同金额的不一致同样是合法有效的。这体现了民法中的意思自治原则，即双方有权根据自己的意愿变更合同内容。

3. 存在法定的变更事由：

   • 在某些特定情况下，如因不可抗力导致合同履行成本显著增加，继续按原合同金额履行会显失公平时，当事人可以依法请求人民法院或仲裁机构变更合同金额。例如，因自然灾害导致原材料价格上涨，继续按原合同价格履行将使一方遭受重大损失，此时可请求变更合同金额。

不合法的情况

1. 一方擅自变更付款金额：

   • 若一方未经对方同意擅自改变付款金额，则构成违约。这种行为违反了合同的约定和诚实信用原则，损害了对方的合法权益。守约方有权要求违约方承担违约责任，包括支付差额及可能产生的其他损失。

2. 通过欺诈、胁迫等手段使付款金额与合同金额不一致：

   • 如果一方通过欺诈、胁迫等不正当手段迫使对方接受与合同金额不一致的付款金额，则该行为无效。受欺诈、胁迫方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该行为，并要求对方按照合同约定履行付款义务。例如，一方以威胁手段迫使对方接受更低的付款金额，这种行为是违法的。

处理方式与建议

• 协商与调解：在发现合同金额与付款金额不一致时，首先建议双方当事人进行友好协商或寻求第三方调解以解决问题。通过沟通，双方可以明确金额不符的具体原因，并探讨双方都能接受的解决方案。

• 法律途径：若协商或调解无果，当事人可以根据合同约定或法律规定申请仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。在仲裁或诉讼过程中，主张方需提供充分证据证明其主张的事实和法律依据。例如，若一方擅自变更付款金额，守约方需提供合同、付款记录等证据证明对方违约。

• 法律依据：在处理此类问题时，应严格依据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定。例如，《民法典》中关于合同变更、违约责任等条款，为处理合同金额与付款金额不一致的问题提供了法律依据。

举例说明：

• 假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定甲向乙购买100吨钢材，单价为每吨5000元。在合同履行过程中，因市场价格波动，钢材价格上涨至每吨6000元。若合同中明确规定了价格可随市场波动调整，且双方协商一致按照新价格执行，则付款金额相应增加是合法的。

• 若甲未经乙同意，擅自按照每吨4000元的价格支付货款，则构成违约。乙有权要求甲按照合同约定的价格支付差额及可能产生的其他损失。

综上所述，合同金额与付款金额不一致并不必然违法，其合法性取决于具体的原因和情境。当事人在处理此类问题时应遵循法律法规的规定，并积极寻求合法合理的解决方案。若您遇到此类问题或有其他法律疑问，欢迎直接向我咨询。