结论：公司发现已离职员工入职时工资流水造假，可以采取的措施及可能面临的法律后果，需根据具体情况来分析，主要包括与员工沟通核实、依据公司规章制度处理、考虑是否追究法律责任以及评估对公司的实际影响等几个方面。

1. 与员工沟通核实情况

首先，公司应当与该已离职员工进行沟通，核实其工资流水造假的具体情况。这一步骤至关重要，因为它有助于公司了解造假的程度、原因以及员工对此的态度。在沟通过程中，公司应保持冷静和理性，避免情绪化的指责，以便更准确地掌握事实真相。

2. 依据公司规章制度处理

如果公司规章制度中明确规定了员工入职时需提供真实工资流水，并规定了造假行为的处理措施，那么公司可以依据这些规定对员工进行处理。处理措施可能包括但不限于警告、罚款、解除劳动合同（如果员工仍在职的话）等。然而，由于员工已经离职，公司可能无法直接对其执行解除劳动合同等针对在职员工的处罚措施，但可以考虑通过法律途径追究其责任，或者在公司内部进行通报批评，以儆效尤。

3. 考虑是否追究法律责任

如果员工的工资流水造假行为给公司造成了实际损失，如因虚假工资水平而影响了公司的薪酬体系、招聘决策等，公司可以考虑通过法律途径追究员工的法律责任。这可能包括提起民事诉讼，要求员工赔偿因造假行为给公司造成的损失。在提起诉讼前，公司应收集充分的证据，如工资流水记录、员工入职时的相关承诺或声明、公司因造假行为而遭受的实际损失证明等。

4. 评估对公司的实际影响

除了考虑追究法律责任外，公司还应评估该事件对公司的实际影响。如果造假行为并未给公司造成实质性损失，或者损失较小且难以量化，公司可能更倾向于采取内部处理措施，如加强入职审查流程、完善规章制度等，以防止类似事件再次发生。同时，公司也可以借此机会对员工进行诚信教育，提高员工的法律意识和道德观念。

额外建议：

• 加强入职审查：为了避免类似事件再次发生，公司应加强入职审查流程，要求员工提供真实、准确的个人信息和资料，并进行严格的核实和审查。
• 完善规章制度：公司应完善相关规章制度，明确员工入职时需遵守的规定和提供的资料要求，以及造假行为的处理措施和后果。
• 加强员工诚信教育：公司可以通过培训、宣传等方式加强员工的诚信教育，提高员工的法律意识和道德观念，营造诚信、公正的企业文化氛围。

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