在基本农田上建蔬菜大棚，若符合设施农业用地的相关规定，且未改变土地用途、未破坏耕地耕作层，并已完成备案手续，则通常不被认定为违章建筑；反之，则可能被认定为违章建筑。以下是对此问题的详细分析：
一、合法建设蔬菜大棚的条件
用于农业生产：
- 蔬菜大棚必须直接用于作物种植等农业生产活动，如种植蔬菜、花卉、水果等。这是判断大棚建设是否合法的基本前提。
不破坏耕地耕作层：
- 在建设大棚时，应确保不破坏基本农田的耕作层，保持土地的农业生产能力。若采用混凝土浇筑地面、深挖地基等方式建设大棚，导致土地无法再进行正常的农业种植生产，则可能被视为违章建筑。
不改变土地用途：
- 大棚内不得进行与农业生产无关的活动，如建设住宅、工厂等。若将大棚用于非农建设，即视为改变用途，将违反相关法律法规。
完成备案手续：
- 按照当地政策要求，建设设施农业用地需进行备案登记，以确保合规性。若未按照规定的程序进行备案登记，可能面临被认定为违章建筑的风险。
二、违章建筑的认定
改变土地用途：
- 若大棚实际用于非农业生产活动，如建造豪华别墅、开饭店等，将违反《土地管理法》关于严格保护基本农田的规定，被认定为违章建筑。
破坏耕地耕作层：
- 如前所述，若建设大棚时破坏了基本农田的耕作层，导致土地无法再进行正常的农业种植生产，也将被视为违章建筑。
未按规定备案：
- 未按照当地规定的程序进行备案登记，可能面临被认定为违章建筑的风险。因此，在建设大棚前，务必了解并遵守当地的备案要求。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 若被认定为违章建筑，政府有权要求拆除大棚，并可能处以罚款。此外，还可能面临其他法律责任，如恢复土地原状等。
建议：
- 在基本农田上建设蔬菜大棚前，应充分了解当地政策和规定，确保建设行为合规合法。
- 咨询当地农业、土地管理和城乡规划等部门，了解具体的法律法规要求、审批程序及建设标准。
- 在建设过程中，采取措施避免破坏基本农田的耕作层，确保大棚建设不会对后续农业生产能力造成负面影响。
四、法律依据
《中华人民共和国土地管理法》：
- 第三十五条：永久基本农田经依法划定后，任何单位和个人不得擅自占用或者改变其用途。
- 第三十七条：禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。禁止占用永久基本农田发展林果业和挖塘养鱼。
《基本农田保护条例》：
- 第十七条：禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动。
综上所述，在基本农田上建蔬菜大棚是否属于违章建筑，取决于大棚的建设目的、对耕地的影响以及是否完成备案手续等多个因素。因此，在进行此类建设时，务必谨慎行事，确保符合相关法律法规和政策要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。