结论前置：执行过来的公司商用土地未过户，原则上不建议进行翻新，需根据具体情况判断并履行相应手续后方可进行。以下分情况详细说明：

1. 土地权属未明确变更至新权利人名下
   若执行程序已终结且法院裁定土地使用权归新权利人所有，但尚未完成过户登记（即未在不动产登记机构办理权属变更），此时土地的法定权属仍登记在原公司名下。根据《民法典》第二百零九条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记发生效力；未经登记，不发生效力。因此，新权利人虽基于执行裁定享有实质权利，但未过户前法律形式上仍非权属人。
   在此情况下翻新土地上的建筑物或进行改建，可能面临以下风险：

   • 行政处罚风险：若翻新行为涉及建设工程施工（如拆除旧建筑、新建或扩建），需依法申请《建设工程规划许可证》《建筑工程施工许可证》等行政许可。若以原公司名义申请，因原公司已丧失权属，可能因主体不适格被驳回；若以新权利人名义申请，因未过户导致权属证明缺失，亦可能无法通过审批。未经许可擅自施工的，可能被认定为“未取得施工许可证擅自施工”，依据《建筑法》第六十四条面临停止施工、罚款等处罚。
     
   • 民事纠纷风险：若翻新过程中与第三方（如施工方、相邻权人）产生纠纷，因权属未过户，新权利人可能难以以权利人身份主张权利（如要求施工方履行合同、排除相邻权妨碍），反而可能因“无权处分”或“表见代理”问题承担不利后果。
     

2. 土地权属已通过执行程序实质变更但未完成过户登记
   若执行法院已向不动产登记机构发出《协助执行通知书》，要求协助办理过户登记，但因登记机构流程延迟、税费未缴清等客观原因尚未完成过户，此时新权利人虽未取得权属证书，但基于执行裁定的效力，其权利已受法律保护。根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第二十六条，被执行人就已经查封、扣押、冻结的财产所作的移转、设定权利负担或者其他有碍执行的行为，不得对抗申请执行人。因此，新权利人可凭执行裁定书、协助执行通知书等材料，向相关部门说明情况并申请办理翻新所需的行政许可。
   但需注意：

   • 办理许可时，需补充提供权属变更的证明材料（如执行裁定书、协助执行通知书复印件），并说明未过户的客观原因；
     
   • 若翻新涉及改变土地用途（如将商用土地改为住宅用地），需依法重新报批，否则可能因“擅自改变土地用途”被处罚；
     
   • 若原土地上存在抵押、查封等权利限制，需在翻新前通过执行程序解除限制，否则可能因后续处置问题引发纠纷。
     

3. 实务建议

   • 优先完成过户登记：新权利人应尽快协调原公司、执行法院及不动产登记机构，完成土地过户手续，从法律形式上确立权属，避免后续风险。
     
   • 翻新前履行审批手续：若因客观原因暂无法过户，需翻新时，应凭执行裁定书、协助执行通知书等材料，向规划、住建等部门申请办理《建设工程规划许可证》《建筑工程施工许可证》，并确保翻新内容符合土地用途及规划要求。
     
   • 签订书面合同并留存证据：与施工方、设计方等签订书面合同，明确权利义务；施工过程中留存施工记录、付款凭证等证据，以备纠纷时主张权利。
     

总结：执行过来的公司商用土地未过户时，翻新需谨慎。若权属未变更，原则上不建议翻新；若权属已通过执行裁定实质变更但未过户，可凭相关法律文书申请审批后翻新，但需严格履行手续并防范风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。