结论：公司土地存在违章且已被司法拍卖的情况下，能否过户需分情况讨论，主要取决于违章是否已处理完毕以及拍卖程序是否合法合规。

1. 违章已处理完毕的情况

若公司在土地被司法拍卖前，已经对存在的违章行为进行了处理，如补办了相关手续、缴纳了罚款等，使得土地的使用状态符合法律法规的要求，那么该土地在司法拍卖后是可以正常过户的。因为此时土地已经不存在法律上的障碍，符合过户的基本条件。

2. 违章未处理完毕的情况

• 过户可能受阻：如果公司在土地被司法拍卖时，违章行为尚未得到处理，那么该土地在过户时可能会遇到障碍。因为违章行为可能导致土地的使用权存在争议或瑕疵，从而影响过户的顺利进行。
• 过户后的风险：即使土地在违章未处理的情况下完成了过户，新的土地使用权人也可能面临法律风险。例如，相关部门可能要求新使用权人继续处理违章行为，或者对违章行为进行处罚。此外，如果违章行为严重到导致土地被收回或处罚，新使用权人还可能遭受经济损失。

3. 拍卖程序合法合规的重要性

• 确保过户有效性：除了违章行为外，拍卖程序的合法合规性也是影响土地能否过户的重要因素。如果拍卖程序存在瑕疵或违法行为，如拍卖公告未按规定发布、拍卖过程不透明等，那么拍卖结果可能被撤销或确认无效，从而导致土地无法过户。
• 保护当事人权益：合法的拍卖程序能够保护当事人的合法权益，确保拍卖结果的公正性和有效性。因此，在参与司法拍卖时，当事人应仔细审查拍卖公告和拍卖程序，确保自己的权益不受损害。

法律建议：

• 提前处理违章：如果公司土地存在违章行为，建议在参与司法拍卖前提前处理完毕，以避免过户时遇到障碍。
• 审查拍卖程序：在参与司法拍卖时，应仔细审查拍卖公告和拍卖程序，确保拍卖的合法性和合规性。
• 咨询专业律师：由于土地过户涉及复杂的法律问题，建议在操作前咨询专业律师，以获取更详细的法律建议和指导。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。