在涉及被没收烟草制品的处罚中，通常不是直接按批发价或零售价来处罚，而是依据烟草专卖行政主管部门认定的违法经营数额或者违法所得来进行处罚。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与处罚原则
根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，对于违反烟草专卖规定的行为，烟草专卖行政主管部门有权进行查处，并可以没收违法所得、没收非法经营的烟草专卖品以及罚款等。在处罚时，主要关注的是违法经营数额或者违法所得，而非直接按批发价或零售价来计算。
二、违法经营数额与违法所得的认定
违法经营数额：这通常指的是违法经营烟草专卖品的总价值，包括进货成本、运输费用、销售费用等所有与违法经营相关的成本。在认定时，烟草专卖行政主管部门会综合考虑多种因素，如进货渠道、销售价格、销售数量等。
违法所得：这是指违法经营烟草专卖品所获得的利润。在计算时，需要扣除合法成本，如进货成本、税费等。违法所得是处罚时的重要参考依据之一。
三、处罚的具体实施
没收非法经营的烟草专卖品：这是最常见的处罚方式之一，即没收所有违法经营的烟草制品。
罚款：根据违法经营数额或者违法所得的大小，烟草专卖行政主管部门可以决定罚款的数额。罚款的数额通常与违法经营数额或者违法所得成一定比例。
其他处罚：在严重情况下，还可能面临吊销烟草专卖零售许可证等更严厉的处罚。
四、关于批发价与零售价的考虑
虽然批发价和零售价不是直接处罚的依据，但在认定违法经营数额时，销售价格（可能包括批发价和零售价）是一个重要的参考因素。烟草专卖行政主管部门会根据实际情况，结合销售价格、销售数量等因素来综合认定违法经营数额。
五、实际案例与操作
在实际操作中，烟草专卖行政主管部门会进行详细的调查取证，包括查封、扣押违法经营的烟草专卖品，询问当事人、证人等，以准确认定违法经营数额和违法所得。然后，根据相关法律法规的规定，决定具体的处罚措施。
总结来说，被没收的烟不是直接按批发价或零售价来处罚，而是依据烟草专卖行政主管部门认定的违法经营数额或者违法所得来进行处罚。如果您或他人涉及此类问题，建议积极配合烟草专卖行政主管部门的调查，并寻求专业法律帮助以维护自身合法权益。如果您有任何法律问题，都可以直接向我咨询。