结论：公司预先垫付的费用是否从工伤赔偿中扣除，需根据费用性质、双方约定及法律规定综合判断，并非所有预先垫付的费用都会被扣除。以下从不同角度详细分析：

一、费用性质决定是否扣除

1. 医疗费、康复费等直接治疗费用
   若公司预先垫付了工伤职工的医疗费、康复费等直接治疗费用，且这些费用属于工伤保险基金或用人单位应承担的赔偿范围（如符合工伤保险诊疗项目目录、药品目录的费用），在最终结算时通常会从赔偿总额中扣除。
   法律依据：根据《工伤保险条例》第三十条，治疗工伤所需费用符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的，从工伤保险基金支付。若用人单位未依法缴纳工伤保险，则由用人单位承担。公司垫付后，有权在赔偿时主张抵扣。

2. 护理费、交通费等辅助费用
   若公司垫付了护理费、交通费等辅助费用，且这些费用符合工伤保险基金支付标准（如护理费需经劳动能力鉴定委员会确认需护理，交通费需为就医或转院治疗实际发生），同样可能从赔偿中扣除。
   法律依据：根据《工伤保险条例》第三十二条、第三十四条，工伤职工到统筹地区以外就医的交通食宿费，以及生活不能自理的工伤职工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责或从工伤保险基金支付。

3. 非必要或超出标准的费用
   若公司垫付的费用超出工伤保险基金支付范围（如使用进口高价药品、非必要检查等），或属于工伤职工个人原因产生的费用（如擅自转院治疗、非工伤引发的疾病治疗），通常无法从赔偿中扣除，需由公司自行承担。
   法律依据：根据《工伤保险条例》第三十条，超出目录范围的费用，工伤保险基金不予支付；若用人单位未依法缴纳工伤保险，超出部分也需由用人单位承担，但无权要求从赔偿中抵扣。

二、双方约定影响扣除结果

若公司与工伤职工在垫付费用时签订了书面协议，明确约定“垫付费用从最终赔偿中扣除”，且协议内容不违反法律强制性规定（如不显失公平），法院或仲裁机构可能支持扣除。
法律依据：根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。若协议合法有效，双方应按约定履行。

三、实务操作建议

1. 公司角度：

   • 垫付费用时，建议与工伤职工签订书面协议，明确费用性质、金额及是否从赔偿中扣除；
     
   • 保留费用发票、支付凭证等证据，以便后续主张抵扣；
     
   • 若对费用是否属于赔偿范围有疑问，可提前咨询社保部门或律师。

2. 工伤职工角度：

   • 接受公司垫付费用时，需确认费用是否合理、必要；
     
   • 若公司主张从赔偿中扣除费用，可要求其提供费用明细及法律依据；
     
   • 对扣除金额有异议的，可申请劳动仲裁或提起诉讼。

四、典型案例参考

• 案例1：公司垫付医疗费5万元，经审核均符合工伤保险目录，最终从赔偿总额中扣除5万元。
  
• 案例2：公司垫付医疗费8万元，其中3万元为进口药品费用（超出目录），最终仅扣除5万元，3万元由公司自行承担。
  
• 案例3：公司与职工约定“垫付费用从赔偿中扣除”，但职工主张协议显失公平（如公司未依法缴纳工伤保险），法院未支持扣除。

总结：公司预先垫付的费用是否从工伤赔偿中扣除，需结合费用性质、双方约定及法律规定综合判断。若您遇到类似问题，可直接向我咨询，我会根据具体情况为您详细分析。