公司垫付的医药费是否会从工亡赔偿中扣除，需根据具体情况判断，核心在于工伤认定结果及支付主体的责任划分。以下从不同场景展开分析：
1. 认定为工伤的情形
若员工所受伤害被依法认定为工伤（包括视同工伤情形），治疗费用通常由工伤保险基金或用人单位承担，与工亡赔偿是独立结算的，不会直接扣除。具体支付路径如下：
- 工伤保险基金支付：已参加工伤保险的员工，符合规定的医疗费用（如抢救费、药费、住院费等）由基金报销，与后续的工亡赔偿（如一次性工亡补助金、丧葬补助金等）无关。
- 单位先行垫付：若单位未参保或基金未及时支付，单位需先行垫付医疗费，后续可通过工伤保险基金追偿，或与员工家属协商处理，但不会从工亡赔偿中直接扣除。例如，员工因工死亡，单位垫付了10万元医疗费，后续工亡赔偿中的一次性工亡补助金（按上一年度全国城镇居民人均可支配收入的20倍计算）仍会全额支付给家属，医疗费垫付部分需通过其他途径解决。
2. 未认定为工伤的情形
若伤害未被认定为工伤（如因员工故意犯罪、醉酒、自残等情形导致），则医疗费用需按以下方式处理，与工亡赔偿无关：
- 医疗保险报销：符合医保目录的费用可通过医保报销，剩余部分由员工自行承担。
- 侵权人赔偿：若存在第三方责任（如交通事故、他人伤害等），可向侵权方主张医疗费等损失。
- 单位补充责任：因工作原因但未被认定工伤的（如单位未提供安全防护措施导致员工受伤），可协商由单位承担部分费用，但与工亡赔偿无直接关联。
3. 特殊情形：单位垫付与工亡赔偿的关联性
若单位垫付的医药费涉及非医疗费用（如护理费、交通费等），且这些费用在工亡赔偿中已有明确项目（如供养亲属抚恤金中可能包含部分护理费用），则可能需在赔偿中协商处理。但核心原则是：医疗费用与工亡赔偿是两条独立的支付路径，不会直接抵扣。
法律建议
- 及时申请工伤认定：员工或家属应在事故发生后30日内（单位未申请的，员工或家属可在1年内申请）向社保部门申请工伤认定，这是确定支付责任的关键。
- 保留垫付凭证：若单位垫付了医疗费，需保留发票、转账记录等凭证，以便后续追偿或协商。
- 协商或诉讼解决：若对支付责任有争议，可先与单位协商；协商不成的，可通过劳动仲裁或诉讼解决。
如有进一步疑问（如工伤认定流程、赔偿标准等），可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细解答。