若甲方挪用自己的工程款，乙方可以采取以下措施来维护自身合法权益：
一、明确合同条款与确认违约
首先，乙方需要详细审查与甲方签订的建设工程施工合同，特别是关于工程款支付的相关条款。确认甲方是否确实存在挪用工程款的行为，以及该行为是否违反了合同约定。如果合同中有明确规定工程款的支付时间、金额和方式，而甲方未按约定支付，那么甲方就构成了违约。
二、友好协商与沟通
在确认甲方违约后，乙方应优先尝试与甲方进行友好协商。通过直接沟通，了解甲方挪用工程款的具体原因，并尝试达成一个双方都能接受的解决方案。例如，可以协商延期支付、分期付款或者提供其他形式的担保等。如果直接沟通效果不佳，乙方还可以考虑引入双方都认可的中间人（如商业伙伴、行业协会成员）进行斡旋，以促成双方达成和解。
三、书面催款与证据保留
若协商无果，乙方应立即向甲方发出正式的书面催款函。催款函中应明确列出工程名称、合同编号、已完成的工作量、应付而未付的工程款金额、支付期限以及逾期支付的后果（如违约金、利息等）。同时，乙方应通过EMS等可靠方式发送催款函，并保留好快递底单和查询记录，作为送达证据。此外，乙方还应妥善保管所有与工程项目相关的文件和记录，包括但不限于合同、施工记录、验收报告、结算单等，这些将是后续法律程序中的重要证据。
四、考虑第三方调解
如果催款函发出后，甲方仍然拒绝支付工程款，乙方可以考虑申请第三方调解。例如，可以向当地的人民调解委员会申请调解，或者向相关行业协会申请调解。第三方调解通常具有成本低、效率高的特点，而且调解协议具有法律约束力，一旦达成调解协议，双方应自觉履行。
五、法律救济途径
如果上述方法均未能解决问题，乙方可以根据合同中的仲裁条款或管辖约定，选择向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
申请仲裁：如果合同中有仲裁条款，乙方应准备仲裁材料，包括申请书、合同及相关证据等，并遵循仲裁程序进行仲裁。仲裁裁决具有终局性，一旦作出即具有法律效力，双方应自觉履行。如果甲方不履行仲裁裁决，乙方可以向法院申请强制执行。
提起诉讼：如果合同中没有仲裁条款或者仲裁不成，乙方可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在提起诉讼前，乙方应确定管辖法院（一般为不动产所在地法院），并准备诉讼材料，包括起诉状、证据清单及证据等。在诉讼过程中，乙方还可以考虑申请财产保全措施，以确保判决能够得到有效执行。如果法院判决甲方支付工程款而甲方不履行支付义务，乙方可以向法院申请强制执行。
六、法律后果与预防措施
甲方挪用工程款不仅构成违约，还可能面临一系列法律后果，如承担违约责任、支付高额利息、信用受损、财产被强制执行甚至承担刑事责任等。因此，乙方在采取上述措施的同时，还应考虑在未来合同中加入预付款项、进度款支付比例、违约利息等保障条款，并可要求甲方提供担保人或抵押物等额外保障措施，以降低类似风险的发生。
总结来说，面对甲方挪用自己的工程款的情况，乙方应综合运用协商、催款、调解、仲裁和诉讼等多种手段来维护自身合法权益。在整个过程中，乙方应注重证据保留和专业法律支持，以确保权益得到最大程度保障。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。