关于您提出的“小三孩子可以亲子鉴定单独立户口吗”这一问题，首先需要明确的是，“小三孩子”这一表述在法律上并不准确，我们更常称之为“非婚生子女”。接下来，我将根据相关法律法规和政策，为您详细解答非婚生子女如何通过亲子鉴定进行户口登记的问题。
非婚生子女户口登记原则：
非婚生子女在户口登记上，原则上是可以随母亲进行登记的。这是基于保护妇女和儿童权益的考虑，确保非婚生子女能够顺利获得户籍身份，享受相应的社会福利和公共服务。
随父亲登记户口的条件：
如果非婚生子女希望随父亲进行户口登记，那么需要满足一定的条件。具体来说，如果《出生医学证明》上没有父亲的信息，那么需要提供合法有效的亲子关系凭证，这通常包括法院判决书或具有资质的鉴定机构出具的亲子鉴定证明。这些凭证能够证明非婚生子女与父亲之间的生物学关系，从而为其随父亲登记户口提供法律依据。
户口登记所需材料：
无论是随母亲还是随父亲进行户口登记，非婚生子女都需要准备一系列的材料。这些材料通常包括：
单独立户口的问题：
至于您提到的“单独立户口”，这通常指的是非婚生子女不随父母任何一方，而是单独设立一个户口。在一般情况下，非婚生子女是无法单独设立户口的，他们必须随母亲或父亲进行户口登记。这是因为户口登记是与家庭关系紧密相连的，非婚生子女作为家庭的一员，其户籍身份应当与父母之一相关联。
综上所述，非婚生子女可以通过亲子鉴定证明与父亲的关系，并随父亲进行户口登记（如果满足相关条件）。但他们无法单独设立户口，而是必须随母亲或父亲进行登记。希望这一解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时咨询。