施工联系单是否算补充协议，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、施工联系单与补充协议的定义及区别
施工联系单：通常是在施工过程中，因设计变更、施工条件变化等原因，由施工单位向建设单位或监理单位发出的，用于沟通、确认相关事项的书面文件。它主要起到沟通、记录的作用，并不一定具有合同性质。
补充协议：则是对原合同内容的补充或修改，具有合同性质。它通常需要双方当事人协商一致，并明确约定补充或修改的内容，对双方具有法律约束力。
二、施工联系单能否视为补充协议的情况分析
内容明确且双方认可：如果施工联系单中明确约定了原合同未涉及的内容，或者对原合同内容进行了修改，且双方当事人在联系单上签字或盖章确认，那么该施工联系单在性质上可能更接近于补充协议，对双方具有法律约束力。但这种情况较为特殊，需要具体分析联系单的内容和双方当事人的意思表示。
内容不明确或仅作记录：如果施工联系单仅是对施工过程中发生的一些事项进行记录或沟通，没有明确约定双方的权利义务，或者没有得到双方当事人的明确认可，那么该施工联系单通常不会被视为补充协议，而仅作为施工过程中的一种沟通记录。
三、法律建议
明确性质：在处理施工联系单时，建议双方当事人首先明确其性质。如果希望将其作为补充协议使用，应在联系单中明确约定相关内容，并确保双方当事人签字或盖章确认。
完善手续：对于重要的施工联系单，建议双方当事人按照合同签订的程序进行完善，包括但不限于协商、起草、审核、签字或盖章等步骤，以确保其法律效力。
留存证据：无论施工联系单是否被视为补充协议，双方当事人都应妥善留存相关证据，以备不时之需。这包括但不限于施工联系单的原件、复印件、传真件、电子邮件等。
咨询专业律师：在处理涉及施工联系单和补充协议的法律问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助双方当事人维护自身合法权益。
总结来说，施工联系单是否算补充协议需根据具体情况判断。如果内容明确且双方认可，可能被视为补充协议；如果内容不明确或仅作记录，则通常不会被视为补充协议。在处理相关问题时，建议双方当事人明确性质、完善手续、留存证据，并咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。