结论前置：施工单位未按时提交资料，是否可以处罚施工企业，这主要取决于合同约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 合同有明确约定：如果建设工程施工合同中明确规定了施工单位提交资料的时间、方式以及未按时提交的违约责任，那么当施工单位未按时提交资料时，建设单位（或发包人）有权依据合同约定对施工企业进行处罚。这种处罚可能包括罚款、工期顺延的索赔、解除合同等，具体取决于合同条款的约定。
- 合同无明确约定：如果合同中没有明确约定施工单位未按时提交资料的违约责任，那么建设单位可能难以直接对施工企业进行处罚。但在此情况下，建设单位仍可以依据《民法典》等相关法律法规，要求施工单位承担因未按时提交资料而造成的损失赔偿责任。
法律法规角度：
- 一般规定：根据《民法典》等相关法律法规，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。因此，如果施工单位未按时提交资料，且该行为构成了违约，那么施工单位应当承担相应的违约责任。
- 特殊规定：在某些特定情况下，如涉及工程质量、安全等关键问题，相关法律法规可能对施工单位提交资料的时间、内容等有更为严格的要求。如果施工单位未按时提交资料，且该行为违反了相关法律法规的规定，那么施工单位可能面临行政处罚（如罚款、停业整顿等）以及民事赔偿责任。
实际操作建议：
- 建设单位：在签订合同时，应明确约定施工单位提交资料的时间、方式以及未按时提交的违约责任。在合同履行过程中，应加强对施工单位提交资料的监督和管理，确保施工单位按时提交资料。如果施工单位未按时提交资料，建设单位应及时与施工单位沟通协商，要求施工单位尽快提交资料，并依据合同约定或相关法律法规追究施工单位的违约责任。
- 施工单位：应严格按照合同约定和相关法律法规的要求，按时提交资料。如果因特殊情况无法按时提交资料，应及时与建设单位沟通协商，说明情况并寻求解决方案。避免因未按时提交资料而承担不必要的违约责任或法律责任。
进一步思考：在实际操作中，施工单位未按时提交资料可能涉及多种原因，如资料整理困难、人员变动、沟通不畅等。因此，在处理此类问题时，应充分考虑各种因素，确保处理结果的公正性和合理性。同时，建议建设单位和施工单位在合同签订前，就资料提交的相关事宜进行充分沟通和协商，以减少后续纠纷的发生。
如有更多关于建设工程领域的法律问题，欢迎直接向我咨询。