自首认定确实包括对被告人主观故意的认定。以下从多个角度进行详细分析：
一、自首的法律定义与构成要件
自首，根据《中华人民共和国刑法》第六十七条的规定，是指犯罪以后自动投案，如实供述自己的罪行的行为。这一定义中，既包含了客观行为（自动投案、如实供述），也隐含了主观故意（即犯罪嫌疑人或被告人对自己犯罪行为的认知和态度）。因此，自首的认定必然涉及对被告人主观故意的考量。
二、主观故意在自首认定中的具体体现
自动投案的主观故意：
- 被告人必须出于自愿，而非被强迫或诱骗，主动向司法机关投案。这体现了被告人对自己犯罪行为的认知和愿意接受法律制裁的主观故意。
- 如果被告人是在被通缉、追捕过程中走投无路而投案，或者是在亲友规劝、陪同下投案，虽然这些情形可能影响自首的从宽处理幅度，但并不影响自首的成立，只要被告人最终是出于自愿投案。然而，在这些情形下，对被告人主观故意的审查会更加严格，以确保其投案的自愿性和真实性。
如实供述的主观故意：
- 被告人必须如实供述自己的主要犯罪事实，包括犯罪的时间、地点、方法、手段、结果等关键要素。这要求被告人对自己犯罪行为有清晰的认知，并愿意如实向司法机关陈述。
- 如果被告人故意隐瞒、歪曲事实，或者只供述部分犯罪事实而隐瞒其他重要事实，则不能认定为自首。这体现了对被告人主观故意中“如实性”的要求。
三、主观故意认定中的注意事项
被告人认知能力的考量：
- 在认定被告人主观故意时，需要考虑其认知能力。如果被告人因年龄、精神状况等原因无法对自己的犯罪行为有清晰认知，或者无法理解投案和如实供述的法律意义，则可能影响自首的认定。
被告人供述的稳定性与一致性：
- 被告人在投案后的供述应当保持稳定和一致。如果被告人在供述过程中反复无常，或者在不同场合下供述内容存在重大差异，则可能引发对其主观故意的质疑。
被告人投案动机的多样性：
- 被告人投案的动机可能多种多样，包括悔罪、害怕法律制裁、希望获得从宽处理等。无论动机如何，只要被告人是出于自愿投案并如实供述自己的罪行，就可以认定为自首。然而，动机的不同可能会影响自首的从宽处理幅度。
四、实际案例中的主观故意认定
在实际案例中，法院在认定自首时，会综合考虑被告人的投案方式、供述内容、认罪态度等多个方面，以判断其是否具有自动投案和如实供述的主观故意。例如，如果被告人是在亲友的陪同下投案，但其在投案前已经明确表示愿意接受法律制裁，并在投案后如实供述了自己的罪行，那么法院仍然会认定其构成自首。
总结来说，自首的认定确实包括对被告人主观故意的认定。这既体现在自动投案的自愿性上，也体现在如实供述的诚实性上。因此，在处理自首案件时，必须全面审查被告人的主观故意，以确保自首认定的准确性和公正性。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律咨询，请直接向我提问。