结论：机关事业单位工作人员2000年受伤能否按《工伤保险条例》执行，需分情况判断，关键在于是否纳入工伤保险统筹及受伤时间与政策实施时间的衔接关系。以下分情况详细说明：

1. 若2000年受伤时已纳入工伤保险统筹范围

根据《工伤保险条例》第二条及第六十五条，公务员和参照公务员法管理的事业单位工作人员，其工伤保险政策由国务院另行规定（如《公务员法》及配套规定）；其他事业单位、社会团体等工作人员，若单位已参加工伤保险统筹，则受伤时应按《工伤保险条例》执行。
但需注意：《工伤保险条例》于2004年1月1日起施行，若2000年受伤时单位尚未参保，则无法直接适用该条例，需依据当时有效的政策（如单位内部福利制度、民政部门关于优抚的规定等）处理。

2. 若2000年受伤时未纳入工伤保险统筹范围

• 公务员及参照公务员法管理的事业单位工作人员：
  根据《公务员法》第七十七条，公务员因公致残的，享受国家规定的伤残待遇（如《伤残抚恤管理办法》），由民政部门或退役军人事务部门评定伤残等级并发放抚恤金，不适用《工伤保险条例》。
  
• 其他事业单位工作人员：
  若单位未参保，2000年受伤时可能按单位内部规定或地方性政策处理（如医疗费报销、一次性补助等）。2004年《工伤保险条例》施行后，若单位后续参保，仅对新发生的工伤事故适用该条例，2000年的旧伤通常无法追溯补办工伤保险待遇。

3. 特殊情形：政策衔接与追溯问题

• 地方试点或提前参保：
  部分地区在2004年前已试点事业单位工伤保险（如上海、广东等地），若2000年受伤时单位已参保，可按当地试点政策享受待遇，但需以参保记录和地方规定为准。
  
• 旧伤复发或后续认定：
  若2000年受伤后未及时认定，后续因旧伤复发产生医疗费用，需结合受伤性质（是否因工）和当地政策判断。若符合工伤条件且单位已参保，可能按《工伤保险条例》处理；否则仍需依赖原政策或民事途径解决。

总结建议

• 核实身份与参保情况：首先确认受伤人员是否为公务员、参照公务员法管理的事业单位工作人员，或普通事业单位工作人员；其次查询2000年时单位是否已参加工伤保险。
  
• 收集证据材料：包括受伤证明、单位政策文件、参保记录等，以明确责任主体和待遇标准。
  
• 咨询当地社保部门：因工伤保险政策存在地域差异，建议向当地人社局或社保中心核实具体执行标准。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供更详细的法律分析。