招标代理公司可以做三方比选，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下从不同角度进行分析：

1. 法律层面
   根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，招标代理机构受招标人委托，可组织招标活动并协助选择中标人。若“三方比选”属于招标人授权范围内的采购方式（如非强制招标项目中的比选程序），且符合以下条件，则合法合规：

   • 比选程序公开透明，不存在歧视性条款；
     
   • 参与比选的第三方主体资质符合项目要求；
     
   • 比选结果公平公正，未损害国家、集体或第三人利益。
     

2. 操作层面
   招标代理公司需注意：

   • 权限范围：需以招标人书面委托为前提，明确代理权限（如是否包含比选方案制定、评审组织等）；
     
   • 程序合规：比选流程应参照招标程序简化执行（如发布比选公告、组建评审委员会、公示结果等），避免流于形式；
     风险规避：若比选涉及政府采购项目，需符合《政府采购法》中“竞争性谈判”或“询价”等法定方式的要求，否则可能因程序违法被质疑或投诉。

3. 特殊情形

   • 若项目属于必须招标的范围（如施工单项合同估算价超400万元），则应依法进行招标，不得以比选替代招标；
     
   • 若比选实质为“化整为零规避招标”，或存在围标串标、利益输送等行为，代理公司可能承担连带责任。

建议：招标代理公司在操作前应审核项目性质、招标人授权范围及比选程序的合法性，必要时建议招标人选择法定招标方式。如有具体项目场景需进一步分析，可直接向我咨询。