招标代理公司一般不能由乙方定，而应由甲方（招标人）来确定。以下从不同角度对此问题进行分析：
法律角度
在招标活动中，招标人（甲方）是招标活动的发起者和组织者，对招标过程和结果负有主要责任。根据相关法律法规，招标人有权自行选择招标代理机构，也可以委托具有相应资质的招标代理机构办理招标事宜。但这里的关键是，选择权在招标人（甲方）手中，而非投标人（乙方）或其他任何一方。
实际操作角度
明确需求与预算：甲方在选择招标代理机构时，需要详细分析招标项目的范围、规模、技术要求及时间节点等关键要素，并制定合理的代理服务预算。这一过程要求甲方对项目有全面的了解，并能够根据项目需求来筛选合适的代理机构。
市场调研与筛选：甲方需要通过查询相关名录、同行推荐、网络搜索等方式，收集符合项目要求的代理机构信息，并进行初步评估。这一步骤同样需要甲方主动参与，以确保所选机构的专业性和可靠性。
严格审查代理机构资格：甲方需要核查代理机构的资质证书、业绩情况、团队实力和信誉状况等，以确保所选机构具备承接项目的能力和信誉。这一过程同样由甲方主导，乙方无权干涉。
签订正式合同：在选定代理机构后，甲方需要与代理机构签订详细的委托代理合同，明确双方的权利和义务。这一步骤也是甲方与代理机构之间的法律行为，与乙方无关。
潜在风险角度
如果允许乙方确定招标代理公司，可能会引发一系列潜在风险。例如，乙方可能会选择与其有利益关系的代理机构，从而损害甲方的利益；或者代理机构可能因与乙方的关系而偏袒乙方，导致招标过程不公平、不公正。这些风险都是甲方需要避免的。
建议与措施
坚持甲方选择权：甲方应坚持自己选择招标代理机构的权利，不受乙方或其他任何一方的干涉。
加强监督与管理：甲方在选择代理机构后，应加强对代理机构的监督与管理，确保其按照合同约定履行义务，保障项目的顺利进行。
完善合同条款：在签订委托代理合同时，甲方应明确代理机构的服务标准和质量要求，以及违约责任等内容，以便在服务过程中进行监督和考核。
如有任何关于合同纠纷或其他法律问题的疑问，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业、全面的法律建议。