在建设工程领域，招标代理公司的选择通常是由甲方（即建设单位或招标人）来确定的。以下是对这一问题的详细分析：

一、招标代理公司的角色与职责

招标代理公司是受甲方委托，负责组织和实施招标活动的专业机构。其主要职责包括编制招标文件、发布招标公告、组织开标和评标、协助甲方签订合同等。由于招标代理公司在招标过程中扮演着重要角色，因此其选择对于招标活动的顺利进行和招标结果的公正性至关重要。

二、甲方选择招标代理公司的依据

1. 专业能力：甲方会考察招标代理公司的专业能力，包括其是否具备丰富的招标经验、是否熟悉相关法律法规和招标流程、是否拥有专业的招标团队等。
2. 信誉度：甲方会关注招标代理公司的信誉度，包括其过往项目的招标结果是否公正、是否受到过相关部门的处罚或投诉等。
3. 服务费用：甲方还会考虑招标代理公司的服务费用，确保其在预算范围内选择到性价比高的招标代理公司。

三、乙方（即施工单位或投标人）在招标代理公司选择中的角色

虽然乙方不直接参与招标代理公司的选择，但招标代理公司的选择对乙方也有重要影响。一个专业、公正的招标代理公司能够确保招标活动的公平、公正和透明，为乙方提供一个公平的竞争环境。因此，乙方也希望甲方能够选择到一家优秀的招标代理公司。

四、特殊情况下的处理

在某些特殊情况下，如甲方缺乏招标经验或资源有限时，可能会寻求乙方的建议或协助来选择招标代理公司。但即便如此，最终的选择权仍然掌握在甲方手中。

五、法律建议

1. 甲方在选择招标代理公司时，应严格按照相关法律法规和招标流程进行，确保选择过程的公正性和透明性。
2. 乙方在参与招标活动时，应关注招标代理公司的专业能力和信誉度，确保自身权益不受损害。
3. 若双方在招标代理公司的选择上存在争议，可通过协商、调解或诉讼等方式解决。

综上所述，招标代理公司的选择通常是由甲方来确定的。甲方在选择时应综合考虑招标代理公司的专业能力、信誉度和服务费用等因素，确保选择到一家优秀的招标代理公司来组织和实施招标活动。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。